Подходящий ли это способ получить все ИППП в ICD9CM, которые соответствуют классификации ИППП в SNOMED?

Question

У меня есть набор данных, который использует коды ICD9CM для кодирования состояния/диагностики. Я хотел бы использовать категорию SNOMED-CD для «Инфекционных заболеваний, передающихся половым путем» (concept_id = 8098009), используя таблицы концептов OHDSI/OMOP/Athena. Для этого я делаю следующее:

Получите концепцию SNOMED STI:

      select * from omop_concepts.concept
where
concept_code = '8098009'
;

Получите стандартные концепции для каждого члена категории и сохраните их в таблице.

      drop table if exists snomed_sti_standard_concept;

create table snomed_sti_standard_concept as (
select 
  root.concept_id root_concept_id,
  root.concept_name root_concept_name,
  c.concept_id concept_id,
  c.concept_name concept_name,
  c.standard_concept standard_concept,
  s.concept_id as standard_concept_id,
  s.concept_name as standard_concept_name,
  s.standard_concept as standard_standard_concept,
  root.domain_id
from 
  omop_concepts.concept root
  join omop_concepts.concept_ancestor ca on 1=1
    and root.concept_id = ca.ancestor_concept_id
  left outer join omop_concepts.concept_relationship rel on 1=1
    and ca.descendant_concept_id = rel.concept_id_1
    and rel.relationship_id = 'Maps to'
  left outer join omop_concepts.concept c on 1=1
    and ca.descendant_concept_id = c.concept_id
  left outer join omop_concepts.concept s on 1=1
    and s.concept_id = rel.concept_id_2
    and s.standard_concept = 'S'
where 
  root.concept_id = 440647
);

Получите концепции ICD9CM, которые соответствуют стандартным концепциям, определяющим категорию STI SNOMED-CT.

      select
  sti.concept_id as snomed_categorization_id,
  sti.concept_name as snomed_categorization_name,
  c.*
from
  snomed_sti_standard_concept sti
  join omop_concepts.concept_relationship rel on 1=1
    and sti.standard_concept_id = rel.concept_id_2
    and rel.relationship_id = 'Maps to'
  join omop_concepts.concept c on 1=1
    and c.concept_id = rel.concept_id_1
    and c.vocabulary_id = 'ICD9CM'
order by 2
;

Результат этого запроса (список кодов ICD9CM, сопоставленных с категорией SNOMED STI) находится здесь: https://github.com/NACHC-CAD/public-examples/tree/main/ohdsi/queries/terminology/sti . - пример . Полный скрипт Databricks, использованный в этом примере, также доступен в этом месте. Сценарий Databricks предполагает, что вы загрузили таблицы терминологии OMOP в схему с именем omop_concepts.

Существует 357 концепций, которые являются потомками используемой здесь концепции SNOMED STI. Существует 154 концепции ICD9CM, которые сопоставляются с этими потомками с использованием метода, описанного выше.