Доступны ли кодовые системы FHIR в OMOP от Athena?

Question

Похоже, что FHIR внедрила свои собственные системы кодирования. Например, это было обнаружено у пациента Synthea:

                "valueCoding": {
            "code": "2106-3",
            "system": "urn:oid:2.16.840.1.113883.6.238",
            "display": "White"
          }

Кажется, из: https://www.hl7.org/fhir/us/core/CodeSystem-cdcrec.html

Я ничего не вижу на странице загрузки терминологии Athena для этого (требуется вход в систему).
https://athena.ohdsi.org/vocabulary/list

Код «2106-3» появляется в стандартной загрузке терминологии из Athena, но как код LOINC для теста на хориогонадотропин (так что это не одно и то же).

Доступны ли эти термины FHIR для OMOP в Athena (или где-либо еще)?

Есть ли место для загрузки всех этих терминов FHIR в формате csv (или другом формате для массовой загрузки)?

Answer 1

Терминологию FHIR можно загрузить в формате XML или JSON. У некоторых есть иерархия и отношения, поэтому плоские CSV-файлы сложнее, хотя я полагаю, что есть предложение добавить это в инструменты публикации FHIR IG в будущем. Обратите внимание, что FHIR — это стандарт обмена данными, а сами термины определены в разных местах — некоторые на http://terminology.hl7.org , некоторые в основной спецификации FHIR, а некоторые — в различных руководствах по реализации FHIR (которые могут быть определены кем угодно). Таким образом, не будет единого места для загрузки контента, хотя есть реестры, которые вы можете использовать для поиска и загрузки больших наборов.