Обработка объекта genind с помощью hierfstat, когда NA в @pop
Кто-нибудь знает, как получить "basic.stats" (hierfstat), "wc" (hierfstat) и / или другие команды hierfstat для работы с объектом genind, который имеет NA в разделе @pop? Я могу преобразовать genind в hierfstat, но другие команды недовольны NA:
Error in 1:sum(data[, 1] == i) : NA/NaN argument
Я хотел бы сохранить исходный файл данных без изменений, потому что он содержит другую информацию и категории, в которые включены образцы "NA", и я хотел бы работать с одним справочным файлом в максимально возможной степени. Есть только некоторые образцы, взятые от отдельных представителей групп населения, и поэтому я не хочу, чтобы они использовались / показывались в других данных (я также сопоставляю образцы позже и не хочу, чтобы они были там).
Вкратце: у меня есть файл данных fasta (PvMtFas), превращенный в объект genind (PvMtGen), и я добавил @pop из другого файла (PvMtData), который содержит некоторые NA в столбце, который я использую (и содержит множество других данных, которые я использую), Эти NA, кажется, мешают мне использовать команды basic.stats и wc из hierfstat. Любые простые решения?
PvMtFas <- read.FASTA ('~/Documents/PvMtFasta.fasta')
PvMtGen <- DNAbin2genind(PvMtFas, pop=NULL, exp.char=c("a","t","g","c"), polyThres=1/100)
PvMtData <- read.csv ('~/Documents/PvMtData.csv')
PvMtGen$pop = PvMtData$GeoCatLV29 #PvMtData$GeoCatLV29 contains NA for some sequences
PvMtHier <- genind2hierfstat(PvMtGen) #this works fine
basic.stats(PvMtGen) #this doesn't
wc(PvMtGen) #this doesn't
Любые предложения приветствуются! Я пытался использовать "na.exclude", но это не сработало (очевидно, потому что я не уверен, как нацелить @pop в объекте genind, и я бы хотел, чтобы весь "ряд" исчез, а не только @pop NA но также образцы, на которые он ссылается).