Описание тега dismo

Вопросы с тегом
NoneDismo is an R package for species distribution modeling, focusing on predicting entire geographic distributions form species occurrence data and environmental data.
0 ответов

Как я могу включить временной аспект при создании данных псевдо-отсутствия?

У меня 608 наблюдений за спутниковыми метками черепах. Я хочу смоделировать их с данными об окружающей среде, которые включают температуру поверхности моря, текущую скорость, скорость ветра и т. Д. Конечно, как данные мечения, так и данные об окружа…
20 фев '19 в 16:15
1 ответ

Использование файла тестового примера с MaxEnt в R

Недавно я много работал с MaxEnt в R (dismo-package), но использовал только перекрестную проверку для проверки моей модели среды обитания птиц (только один вид). Теперь я хочу использовать самодельный файл тестового примера. Я должен был выбрать эти…
24 авг '17 в 13:27
0 ответов

Проблема выполнения метода bioclim в пакете dismo в R

Я пытаюсь запустить моделирование распределения видов, используя метод bioclim в пакете "dismo" в R. после установки необходимого пакета и его загрузки все кажется нормальным. и пакет "dismo" появляется в коробке пакета Rstudio, он также отмечен. #i…
08 ноя '18 в 08:10
0 ответов

Как получить стандартные карты ошибок для модели дерева регрессии с усилением?

Я использую библиотеки R gbm и dismo для создания ускоренных деревьев регрессии (BRT) ландшафтных выбросов CO2. Я получаю карты оценок CO2 с использованием функции прогнозирования растра. Например, если Stacked - это мой растровый стек входных перем…
17 май '18 в 15:49
0 ответов

Несоответствие в выходных данных от prent.maxent, пакета dismo

Я работаю с моделью maxent, снабженной пакетом dismo в R. Я нахожу несоответствие между выводом, который я получаю из "предиката", и пользовательской функцией для применения той же модели. Я использую пользовательскую функцию, чтобы скомпилировать р…
03 ноя '17 в 15:48
1 ответ

GLM возвращает отрицательное значение для порога (отсечка)(в R)

Я работаю с моделированием распределения видов с GLM. У меня есть (Южная Америка) данные по видам Caiman crocodilus из GBIF ( http://www.gbif.org/species/5846514) и биоклиматические данные из Worldclim ( http://worldclim.org/current). Я пытаюсь запу…
21 дек '16 в 23:05
0 ответов

Как я могу усреднить несколько объектов GBM?

Есть ли способ усреднить несколько объектов gbm, чтобы вывод можно было визуализировать с помощью gbm.plot? Например, используя данные радужной оболочки (неуместно, но код выполняется), я создал функцию f, которая случайным образом выбирает равное к…
19 мар '18 в 14:06
1 ответ

Использование функции оценки для MaxEntReplicates

Я использую функцию Maxent в пакете dismo для создания некоторых моделей распространения видов. Обычно это работает: single_model <- maxent(predictors, presence, args=c('jackknife=TRUE', 'randomseed=FALSE',"randomtestpoints=25"), path=output) eva…
20 мар '18 в 14:58
0 ответов

Как добавить 95% доверительные интервалы в графики частичной зависимости с помощью DISMO (gbm.plot)

У меня нет проблем с построением графиков частичной зависимости модели gbm с использованием gbm.plot из пакета dismo. Тем не менее, я видел опубликованные статьи, в которых также представлены 95% Ки для этих графиков (с использованием метода начальн…
21 сен '18 в 02:32
0 ответов

Извлечение необъектных значений из ecocrop в R

Я работаю над моделированием культур и климата, используя пакет "dismo" Роберта Хейманса и, в частности, функцию "ecocrop". Ecocrop вызывает серию "скрытых" функций, включая.doEcocrop (ecocrop и.doEcocrop, вставленные ниже), которые вычисляют конечн…
14 фев '17 в 07:01
0 ответов

Как сохранить данные для кривых отклика, связанных с анализом дерева ускоренной регрессии, с использованием "dismo"?

Я моделирую среду обитания потенциальных видов, используя Boosted Regression Tree на "dismo". Код, используемый мной - lox.BRT0 <- gbm.step(data = training.data, gbm.x = 2:8, gbm.y = 1, family = "bernoulli", tree.complexity = 7, learning.rate = 0…
02 июл '18 в 05:47
1 ответ

Форматирование цветов точек данных (два цвета, одна карта) - очень новое для R

карта Итак, вот с чем я работаю. Я очень плохо знаком с R, и мой начальник уже написал эти сценарии, но мне нужно отформатировать точки данных, чтобы они были желтыми для моих очков в Новой Зеландии и красными для моих очков в Австралии. Я могу это…
03 мар '18 в 22:27
0 ответов

R dismo package: смещение пространственной сортировки sbb() выдает ошибку "Индексирование вне границ"

У меня есть список выборочных координат для моделирования распределения, называемый species.sampl в качестве data.frame: lon lat 1 6.996322 59.44065 2 7.018389 58.91420 3 7.334684 59.72563 4 7.285946 58.92459 5 8.237148 59.81058 6 9.208864 59.84605 …
06 июн '18 в 08:10
0 ответов

Возвращаемое значение функции gbm.step в пакете "dismo" с использованием перекрестной проверки

Я пытаюсь использовать функцию gbm.step из пакета dismo, чтобы она соответствовала модели gbm с использованием перекрестной проверки. Согласно документу dismo ( https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf, стр. 32), возвращаемое значение…
09 янв '18 в 19:29
0 ответов

Моделирование распределения видов ошибок с помощью SVM на платформе "dismo"

Я работаю над моделированием среды обитания видов и использую опорную векторную машину (SVM) для анализа с использованием пакета "dismo". Часть данных используется следующим образом - pa bio1 bio2 bio3 bio13 bio18 bio19 ecoregions 1 1 176 162 81 132…
05 июл '18 в 06:18
0 ответов

Неисправность в работе модели maxent с использованием факторов с пакетом dismo R

Я пытаюсь запустить модель maxent, используя data.frame в качестве источника данных. Все работает нормально, если я использую только цифры и целые числа в качестве входных переменных. pa <- data.frame(alt=runif(100, 0, 1000), temp=rpois(100, 5), …
03 авг '18 в 19:52
1 ответ

Скачать данные подвида с помощью R пакетов (dismo)

Я хотел бы использовать dismo (Пакеты R) для загрузки данных о встречаемости видов gbif для анализа распространения видов. Я прочитал руководство и успешно прошел наш анализ в большинстве случаев. Я использовал код здесь. gbif("genus","species", geo…
03 июл '17 в 10:07
1 ответ

BRT: добавить цвета градиента к графикам взаимодействия, используя gbm.perspec

Я хотел бы добавить градиент цветов после подгоночных значений (например, более высокие подгонянные значения - более темные цвета, более низкие подгонянные значения - более светлые цвета) в моих графиках трехмерной зависимости. Я использовал пример,…
17 мар '17 в 09:54
0 ответов

Невозможно получить карты с помощью dismo gmap()

Я пытаюсь следовать руководству, найденному здесь: https://data.cdrc.ac.uk/tutorial/aa5491c9-cbac-4026-97c9-f9168462f4ac/4b026153-2953-4173-ab44-b24b2fb559fd Примечание: учебник требует бесплатный вход в систему для доступа Шаг, на котором я застрял…
15 фев '19 в 20:28
1 ответ

gbm.interactions для gbm.fixed

Как я могу получить оценку взаимодействия для gbm, рассчитанного с фиксированными n.trees? Я старался: data(Anguilla_train) angaus.fixed <- gbm.fixed(data=Anguilla_train, gbm.x = 3:13, gbm.y = 2,family = "bernoulli", tree.complexity = 5, learning…
31 май '17 в 14:14