Описание тега circos

Вопросы с тегом
Circos - это программный пакет для визуализации данных и информации. Он визуализирует данные в круговой схеме - это делает Circos идеальным для изучения взаимосвязей между объектами или позициями.
2 ответа

Расчет перекрытия в MySQL

Я пытаюсь выяснить, какие классы имеют наибольшее совпадение между ними. Данные хранятся в MySQL, и у каждого учащегося есть отдельная строка в базе данных для каждого класса, который он / она посещает (я не настраивал его и не могу его изменить). Я…
10 май '16 в 20:40
0 ответов

Ортогональная ориентация меток в цирковом сюжете

Я нашел CirosJS демо, и я особенно заинтересован в chords.js демо: var gieStainColor = { gpos100: 'rgb(0,0,0)', gpos: 'rgb(0,0,0)', gpos75: 'rgb(130,130,130)', gpos66: 'rgb(160,160,160)', gpos50: 'rgb(200,200,200)', gpos33: 'rgb(210,210,210)', gpos2…
09 ноя '17 в 01:06
0 ответов

Заставить Perl GD работать

Я пытаюсь заставить модуль GD Perl работать на моем Mac. Я установил библиотеку GD $ gdlib-config --all GD library 2.1.0 includedir: /usr/local/include cflags: -I/usr/local/include ldflags: -L/usr/X11/lib -L/usr/local/lib libs: -ljpeg -lz -L/usr/loc…
28 фев '14 в 23:52
1 ответ

R: Изменение цвета на диаграмме аккордов в R

Основной вопрос. У меня есть таблица ввода, как это: 1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1098 11 137 105 338 2 0 0 351 0 1 0 0 3 0 0 0 132 215 91 191 4 0 0 0 0 6 10 19 5 0 0 0 0 0 37 95 6 0 0 0 0 0 0 146 7 0 0 0 0 0 0 0 Я написал этот код в R: library(circlize) tab…
28 мар '18 в 21:44
0 ответов

Сюжет Circos с генами и частотой мутаций пациентов

Я уже задавал этот вопрос в разделе биоинформатики, но я вижу здесь больше запросов, связанных с цирками, поэтому я хотел бы снова опубликовать свой вопрос Есть пакеты R, которые я не пробовал, так как с моей стороны было немного проще создать форма…
08 янв '19 в 12:40
2 ответа

ReferenceError: d3 не определено

Я пытался запустить этот код: var gieStainColor = { gpos100: 'rgb(0,0,0)', gpos: 'rgb(0,0,0)', gpos75: 'rgb(130,130,130)', gpos66: 'rgb(160,160,160)', gpos50: 'rgb(200,200,200)', gpos33: 'rgb(210,210,210)', gpos25: 'rgb(200,200,200)', gvar: 'rgb(220…
29 окт '17 в 22:17
1 ответ

Настройте highlight.sector() ширину и расположение - диаграмма аккордов (круговой пакет) в R

Мне нужна помощь с настройкой выделенных секторов chordDiagram() из круглого пакета. Я работаю с данными рыболовства. Рыболовные суда начинают свое плавание в одном порту PORT_DE), и выгрузить свой улов в другом порту PORT_LA). Я работаю с морским г…
10 фев '18 в 16:57
0 ответов

Простая, не ленточная аккордовая диаграмма (Python 2.7)

Я хочу повторить сюжет, похожий на этот: по следующим критериям: Не ленточные соединения между точками (тонкие линии) Текст вне каждой точки Всего 10 или около того очков вместо 30+, показанных выше. Дополнительные цвета (строки / текст) не нужны. Я…
28 ноя '17 в 02:23
0 ответов

Настройка всплывающих подсказок в круговой диаграмме CircosJS

Мне нужно иметь собственную подсказку (HTML div с основными контактными данными и рис.) В диаграмме Circos Scatter в моем приложении. Кто-нибудь пробовал или есть идея отображения настраиваемой всплывающей подсказки, а не простых строковых данных?
11 янв '18 в 19:38
1 ответ

R (кружить): Как удалить самостоятельные ссылки?

Вот пример кода: df <- rbind(matrix(rep(sample(5),2),5,2),matrix(sample(10),5,2)) model_color <- unique(as.vector(df)) names(model_color) <- model_color brand <- unique(as.vector(df)) names(brand) <- brand chordDiagram(data.frame(df),…
30 май '17 в 16:44
1 ответ

Отсутствие ссылок на круговой миграционный участок

Я пытался следовать R-коду от Гая, чтобы создавать циклические графики миграции. Мои файлы похожи на те, которые он представляет с пакетом "migest" (science/region_custom). Мой пример файла данных: 'region_oceanos': - - - 1 2 4 3 - - - Pacífico Índi…
06 мар '15 в 01:50
0 ответов

Как нарисовать легенду трека в Circos

В этом руководстве Circos было показано, как настроить интервал между двумя хромосомами, чтобы можно было разместить легенду дорожки в этой области. http://circos.ca/documentation/tutorials/ideograms/spacing_breaks/img/03.png Как и в примере выше, н…
07 ноя '14 в 03:06
0 ответов

Как построить заговоры и ссылки на эталонный геном в цирке?

Я хочу отобразить и Miseq reads, и contigs на один и тот же эталонный геном, чтобы увидеть охват как на reads, так и на уровне contig. Я хочу получить сюжет, похожий на этот: Там написано "Сюжет сделан цирками", но кто-нибудь знает, как использовать…
27 окт '17 в 00:12
0 ответов

Передавать разные файлы в качестве параметров

У меня есть несколько вопросов относительно участков Circos. Я хочу включить легенду в график, чтобы указать, что представляют различные круги на графике. Я хочу переименовать сюжетные подпрограммы таким образом, чтобы при запуске цирка я мог исполь…
31 окт '14 в 04:19
0 ответов

График, созданный edgebundleR, отображается в консоли, но не в Rshiny Tabset

Я использую edgebundleR для создания сюжета, подобного следующему: Диаграмма сетевых аккордов в R Я успешно создал график в R Console, но при попытке отобразить его в Rshiny tabset он не отображается. Я также пытаюсь сбросить графическое устройство,…
19 янв '18 в 00:26
1 ответ

R Circlize, Аккордовый граф с пустыми секторами

Я пытаюсь создать аккордовую диаграмму, используя пакет circlize в R. Я хотел бы включить сектора, для которых нет оттока (нет ссылок, исходящих от них). Есть ли способ: Заставить программу сообщать строки из моего фрейма данных, даже если в этой ст…
25 май '15 в 06:14
0 ответов

Понимание начала и конца ссылок в CIRCOS

Я читаю учебные пособия и получил проблемы с пониманием start а также end из link, Например, вот 3 ссылки между hs1 и /hs[2-4]/ ID start end ID start end hs1 100 200 hs2 250 300 hs1 400 550 hs3 500 750 hs1 600 800 hs4 150 350 Насколько я понимаю, то…
03 май '14 в 16:33
2 ответа

Сетевая аккордовая диаграмма бед в R

У меня есть некоторые данные, похожие на data.frame d следующее. d <- structure(list(ID = c("KP1009", "GP3040", "KP1757", "GP2243", "KP682", "KP1789", "KP1933", "KP1662", "KP1718", "GP3339", "GP4007", "GP3398", "GP6720", "KP808", "KP1154", "KP748…
08 июн '15 в 12:02
2 ответа

Самый чистый способ изменить изображение цирка

Я хотел бы получить несколько советов по следующему: я создал изображение с кружочками (данные днк). Я хочу аннотировать эти данные, нанося имя гена в середине графика и стрелку, чтобы показать, где начинается первый ген. (пример выходного файла зде…
24 июл '15 в 14:40
1 ответ

Ошибка Circos: НЕОБХОДИМЫЙ МОДУЛЬ

У меня явно есть Clone в моем списке модулей Perl. Почему я получаю эту ошибку? Я использую Perl 5.16 на Mac OS X v10.8 (Mountain Lion). lraven$ cat run.out *** REQUIRED MODULE IS MISSING *** You are missing the Perl module Clone. Use CPAN to instal…
04 фев '14 в 04:15