Сюжет Circos с генами и частотой мутаций пациентов
Я уже задавал этот вопрос в разделе биоинформатики, но я вижу здесь больше запросов, связанных с цирками, поэтому я хотел бы снова опубликовать свой вопрос
Есть пакеты R, которые я не пробовал, так как с моей стороны было немного проще создать формат данных и запустить его, но я не получаю сюжет, как я хотел бы, учитывая, что его генерация, но выглядит довольно глупо, довольно сложно сделать вывод
Итак, у меня есть один набор файлов, которые содержат ген и их расположение в хромосоме, а другой набор файлов - местоположение хромосом всех генов вместе с мутацией пациента.
- DC3_DC7_CIRCOS_CHR_DATA это мои данные о местоположении
- DC3_DC7_CORD_PLOT содержит мутацию гена у пациента
- exp.conf - это мой файл конфигурации
Это был мой предыдущий вопрос, но теперь я хотел бы видеть мутацию образца пациента, которую я пробовал, и я получаю вывод, но он выглядит действительно тупым выводом Circos
Так вот мои файлы
В моем файле, который я пытаюсь построить, есть ген, имеющий мутацию с точки зрения пациента, которая колеблется от 1 до 53 пациентов при макс.
У NPM1 самая высокая мутация с 53 пациентами на графике, и я попытался установить порог между> 10 и < 3, чтобы установить цветную метку, которая обозначает число, которое он содержит.
- Как я могу добавить имена генов к сюжету?
- Есть ли способ, которым я могу показать, что гены только с 1 мутацией связаны друг с другом, аналогично для 2, связанных вместе, так далее и так далее.
Я пытался с ссылками, но не мог заставить его работать.
Там может быть очень фундаментальным, что я не могу заставить его работать, я думаю, что
Любое предложение или помощь будут высоко оценены.
Если есть какое-либо решение R, использующее данные, которые я предоставил, это также было бы очень полезно