Использование других файлов на основе динамических выводов со смешанными нединамическими подстановочными знаками в snakemake
Я пытаюсь использовать Snakefile, который делает что-то вроде этого:
rule split_files:
input:
'{pop}.bam'
output:
dynamic('{pop}_split/{chrom}.sam')
shell:
"something"
rule work:
input:
sam='{pop}_split/{chrom}.sam',
snps='snps/{chrom}_snps'
output:
'{pop}_split/{chrom}_parsed.sam'
shell:
"something"
rule combine:
input:
dynamic('{pop}_split/{chrom}_parsed.sam')
output:
'{pop}_merged.sam'
shell:
"something"
Это приводит к ошибке:
Missing input files for rule work:
snps/__snakemake_dynamic___snps
Добавление dynamic
оба входа для рабочего правила приводят к одной и той же ошибке.
Мне нужно сделать это, потому что в некоторых популяциях есть chrY, а в других нет, поэтому я не могу просто расширить список хромосом (на самом деле я могу с другой работой, которую я сейчас использую, но это громоздко).