Использование других файлов на основе динамических выводов со смешанными нединамическими подстановочными знаками в snakemake

Я пытаюсь использовать Snakefile, который делает что-то вроде этого:

rule split_files:
    input:
        '{pop}.bam'
    output:
        dynamic('{pop}_split/{chrom}.sam')
    shell:
        "something"

rule work:
    input:
        sam='{pop}_split/{chrom}.sam',
        snps='snps/{chrom}_snps'
    output:
        '{pop}_split/{chrom}_parsed.sam'
    shell:
        "something"

rule combine:
    input:
        dynamic('{pop}_split/{chrom}_parsed.sam')
    output:
        '{pop}_merged.sam'
    shell:
        "something"

Это приводит к ошибке:

Missing input files for rule work:
snps/__snakemake_dynamic___snps

Добавление dynamic оба входа для рабочего правила приводят к одной и той же ошибке.

Мне нужно сделать это, потому что в некоторых популяциях есть chrY, а в других нет, поэтому я не могу просто расширить список хромосом (на самом деле я могу с другой работой, которую я сейчас использую, но это громоздко).

0 ответов

Другие вопросы по тегам