Описание тега rosalind

Вопросы с тегом
Rosalind is a platform for learning bioinformatics through problem solving.
1 ответ

Почему модуль должен выполняться во время каждой итерации?

Это один из тех вопросов, где я наткнулся на правильный ответ, но я не понимаю, почему он правильный, и Википедия не помогла. Для Розалинды я написал простой скрипт для получения числа всех возможных последовательностей РНК из белковой нити (по моду…
22 авг '13 в 21:09
3 ответа

Заполнить список кортежами

Я просто возлюсь с симуляцией ( Первый закон наследования Менделя). Прежде чем я смогу дать возможность матерям спариться и проанализировать результат, необходимо сформировать популяцию, т. Е. Список должен быть заполнен различными числами трех разн…
14 июн '13 в 17:56
3 ответа

Розалинда переводит РНК в белковый питон

Вот мое решение проблемы проекта Розалинд. def prot(rna): for i in xrange(3, (5*len(rna))//4+1, 4): rna=rna[:i]+','+rna[i:] rnaList=rna.split(',') bases=['U','C','A','G'] codons = [a+b+c for a in bases for b in bases for c in bases] amino_acids = 'F…
29 апр '14 в 18:28
1 ответ

Python: множественные консенсусные последовательности

Начиная со списка последовательностей днк, я должен иметь взамен все возможные согласованные (результирующие последовательности с самой высокой частотой нуклеотидов в каждой позиции) последовательностей. Если в некоторых положениях нуклеотиды имеют …
26 июл '16 в 10:01
3 ответа

Розалинда разрешение нуб

Это мое решение проблемы, представленное здесь: http://rosalind.info/problems/subs/. def subs(string,subString): lista=[] i=0 while i < (len(string)-len(subString)): if string[i:(i+len(subString)-1)]==subString: lista.append(i) i+=1 return lista …
29 апр '14 в 16:56
5 ответов

Кролики Фибоначчи умирают после произвольного числа месяцев

Итак, я видел несколько решений этой проблемы или аналогичных проблем, но я действительно хочу знать, почему у меня не работает. Это намного легче читать, чем много решений, которые я нашел, поэтому я бы хотел, чтобы это сработало! Начиная с 1 пары …
26 июн '13 в 01:13
1 ответ

Алгоритмическое / вероятностное упражнение

Я пытаюсь выполнить упражнение из проекта Розалинд, но, по-видимому, продолжаю ошибаться. Полный текст доступен здесь, но моя более короткая абстрактная интерпретация и попытка заключаются в следующем. Пожалуйста, помогите мне найти, что я делаю не …
08 фев '13 в 02:04
3 ответа

Поиск всех элементов словаря списков, имеющих определенный элемент в этом списке

Я работал над проблемой через Розалинду. Прошла неделя с тех пор, как я застрял. Я постараюсь объяснить это как можно проще. Ввод - строка называется Genome и целые числа k, L, а также t, Геном - это строка генетического кода для сортировки. k это з…
02 янв '14 в 22:05
1 ответ

Странное поведение библиотеки Python difflib для соответствия последовательности

Я несколько озадачен странным поведением в difflib библиотека. Я пытаюсь найти перекрывающиеся последовательности в строках (на самом деле последовательности Fasta из задачи Розалинд), чтобы склеить их вместе. Код, адаптированный здесь, хорошо работ…
05 май '18 в 18:46
1 ответ

Regex - совпадать несколько раз в строке

Я пытаюсь выполнить поиск по регулярному выражению 'NNTSY', чтобы получить два совпадения. ННЦ NTSY Когда я попытался сопоставить, используя шаблон ?<NGrlyosylation>N[^P][ST][^P])"Я получаю только один матч, который NNTS, Как я могу использова…
22 май '16 в 04:04
0 ответов

Розалинда Консенсус и профили Python

В Python 3.7 мой код работает с образцом данных страницы, но на большом он не работает. Есть идеи, что я делаю не так? amounts = {"A": "", "C": "", "G": "", "T": ""} new = [] consensus = "" contents = [] with open("condna.txt") as f: oldcontents = f…
20 июл '18 в 11:24
2 ответа

Javascript дает другой ответ на тот же алгоритм в Python

Я работаю над проблемой Розалинд Mortal Fibonacci Rabbits, и сайт постоянно говорит мне, что мой ответ неверен, когда я использую свой алгоритм, написанный на JavaScript. Когда я использую тот же алгоритм в Python, я получаю другой (и правильный) от…
10 дек '15 в 08:55
2 ответа

Розалинда: SUBS провалила данное дело

Я написал решение этой проблемы на основе этого ответа. Он успешно обрабатывает приведенный пример, но не фактический. Вызов: Учитывая две строки s а также t, t подстрока s если t содержится в виде непрерывного набора символов в s (в следствии, t до…
23 май '16 в 13:53
4 ответа

Почему я продолжаю получать ошибку индекса при попытке удаления, когда замена на символ работает нормально?

Программируя newb/python newb, моя работа супер нетребовательна, поэтому я нашел много свободного времени, чтобы научиться кодировать. Я работаю над этой проблемой rosalind.info. Вот мой код до сих пор: # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Thu Jan…
25 фев '16 в 19:19
1 ответ

Вычисление вероятности того, что у потомства будет хотя бы один доминантный аллель

Я пытаюсь решить проблему "Первого закона Менделя" на http://rosalind.info/ Я пробовал несколько разных подходов, но я просто не могу найти решение, которое бы давало тот же ответ, что и образец проблемы на их странице. Я знаю, что их выборка верна,…
31 май '14 в 23:45
2 ответа

Функция поиска Python не работает. Что я делаю неправильно?

Я программист-любитель (моя настоящая специальность - биология), поэтому я прошу прощения, если код зверский. В любом случае, я выполняю упражнение rosalind.info ( http://rosalind.info/problems/subs/), которое хочет, чтобы я нашел каждый индекс, где…
26 ноя '15 в 13:29
2 ответа

Массив двойной степени

У меня проблема Образец набора данных: график, в котором количество вершин равно 5, количество ребер равно 4, а 1 2, 2 3, 4 3, 2 4 - это список ребер. Массив степеней для этого набора данных составляет 1 3 2 2 0 (в порядке вершин). Я сделал массив д…
28 июн '14 в 14:17
1 ответ

Соответствие шаблону Розалинд Java не принято

Я смог протестировать приведенный ниже код для приведенных примеров входных данных и успешно прошел проверку. http://rosalind.info/problems/1c/ Но почему-то для любого набора данных, который я загружаю, ответ не принимается сайтом. Я не уверен, что …
21 дек '14 в 22:07
1 ответ

Консенсусная строка и матрица профиля

Я написал следующий код на Python для решения одной из проблем Rosalind ( http://rosalind.info/problems/cons/), и по какой-то причине Rosalind говорит, что ответ неправильный, но я провел некоторую выборочную проверку, и она кажется правильной, Проб…
21 ноя '17 в 23:03
1 ответ

Нахождение мотива в ДНК

Проблему можно найти здесь: http://rosalind.info/problems/subs/ Вопрос, который у меня есть, касается производительности двух решений, представленных ниже. 1. def indexOfAppearances(strand: String, subStrand: String): List[Int] = { def help0(x: Stri…
08 ноя '12 в 22:09