Описание тега rhdf5

Вопросы с тегом
0 ответов

Как использовать начало координат для проецирования растра из файла h5 в R?

Я хотел бы проецировать data.frame из файла h5 в проектируемый растр. Файл h5, который я использую, является сеткой, эквивалентной снежно-водной, для Сьерра-Невады, Калифорния, а начало координат находится на одном из подуровней файла. Я не могу пон…
28 июл '18 в 16:57
1 ответ

Не удается записать файл hdf5: ошибка в H5Dcreate

Когда я пытаюсь написать dgcMatrix из 30 000x80 000 с помощью rhdf5 в Rstudio: h5writeDataset(as.matrix(dge_cut), file, 'rawcounts') Я получаю ошибку: Ошибка в H5Dcreate(loc$H5Identifier, набор данных, tid, sid, dcpl = dcpl): HDF5. Dataset. Невозмож…
28 окт '18 в 20:16
0 ответов

R используя list.datasets для определенных групп в файлах h5

У меня есть 4 группы в моем файле h5, так что следующий код: list.datasets(spot_sims) = [1] "/Apple/2018" "/Apple/2019" "/IBM/2018" "/IBM/2019" Как я могу запросить только группу IBM, не используя индексы? Например, я пробовал варианты следующего: l…
15 янв '18 в 07:34
1 ответ

Чтение множества файлов.h5 одновременно

Я использую библиотеку rhdf5. И я хочу прочитать много файлов одновременно. У меня есть файлы.h5 в папке ввода, то я пытался: filenames <- list.files("input", pattern="*.h5", full.names=TRUE) read_h5<- function(file) {h5read(file, "/datasets/d…
07 авг '17 в 08:01
0 ответов

Прочитать ввод hdf5 порциями в библиотеке rhdf5

Я хочу прочитать в матрице из hdf5 файл и напрямую преобразовать его в dgcMatrix так как он слишком велик для RAM, Есть ли способ сделать это в R? Вот что я хочу сделать: dge <- as(h5read(path_to_file, 'rawcounts'), "dgCMatrix") В настоящее время…
28 окт '18 в 19:03
0 ответов

Библиотека rhdf5: вывод h5ls отличается от Linux к Windows

Я сообщаю о проблеме, с которой я столкнулся на R, используя функцию rhdf5 h5ls. В зависимости от ОС, на которой я его запускаю, вывод не одинаков. Вот пример: library(rhdf5) file_loc <- file.path(tempdir(), "h5ex_d_sofloat.h5") web_adress <- …
30 окт '17 в 14:47
0 ответов

Библиотека rhdf5 в R: чтение в файл с h5ls

Я хочу прочитать в файле hdf5 в R, но я не могу заставить его работать. Я получаю ошибку: h<-h5ls(tsdatabase_path) Ошибка в H5Fopen(файл "H5F_ACC_RDONLY"): HDF5. Доступность файла. Невозможно открыть файл. где h5ls - это метод в rhdf5, а tsdataba…
06 июн '16 в 14:34
0 ответов

Как мне указать версию пакета для био проводника в Travis?

Я пытаюсь использовать travis для моего пакета R. Проверка в порядке для R 3.4, результаты здесь Для R 3.3 Travis - KO, потому что Travis установил пакет rhdf5, но это не правильная версия. Результаты здесь У меня в файле описания следующие строки I…
08 мар '18 в 10:34
0 ответов

Как я могу воспроизвести ошибки CRAN для платформы Debian?

Я должен исправить некоторые ошибки в моем пакете antaresProcessing. Я хочу воспроизвести эти ошибки раньше. Здесь вы можете увидеть CRAN Checks У меня нет ОС Debian. Я попробовал ревень, вы можете видеть, что результаты в порядке Я пытался выполнит…
28 фев '18 в 16:11
1 ответ

Как мы можем иметь неограниченные размеры для набора данных в файле HDF5 с использованием пакета RHDF5?

Хотя это может показаться схожим с уже возникшим вопросом: возможно ли обновить набор данных-размеры-в-hdf5-файл-используя-rhdf5-in-r, но они не совсем совпадают. В документации RHDF5 написано, что мы можем определить максимальные измерения, которые…
31 мар '16 в 06:02
1 ответ

R: ошибка при чтении файлов.h5 из R с использованием пакета rdhf5

Я новичок в hdf5 файлах. Попытка прочитать некоторые примеры файлов по указанному ниже URL-адресу. https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/ при попытке чтения одного из файлов.h5 в среде R library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_sofloat.h5"…
22 июн '17 в 09:09
0 ответов

Интерфейс HDF5 dataspace - что он делает и для чего он предназначен

В настоящее время я создаю несколько приложений, которые используют файлы HDF5. Мой язык выбора R, Я уже заглянул на сайт hdfgroup в отношении пространства данных, и я думаю, что понимаю концепцию. Но я очень не в состоянии понять, как это используе…
22 июн '17 в 11:06
0 ответов

Ошибка при чтении файла.h5 с использованием пакета rhdf5 в R

Я импортирую файл.h5 в R с помощью пакета rhdf5. Но появилось предупреждающее сообщение, и я нашел DATE_TIME столбец моих данных NA когда я просматриваю импортированный файл. Предупреждающее сообщение: В H5Dread(h5dataset = h5dataset, h5spaceFile = …
03 янв '19 в 06:59
0 ответов

Как я могу выделить DataSet больше, чем поместится в памяти в R?

У меня есть внешнее приложение (не-R), чей вход представляет собой файл HDF5, содержащий плотный куб данных. Я хочу сгенерировать данные для этого в R. Обычный способ создать HDF5 DataSet в R будет выглядеть так: ` library(h5) data <- numeric( 8*…
07 дек '16 в 20:06
1 ответ

Как сохранить переменные из файла hdf5, используя строки в качестве имен переменных?

У меня есть файл hdf5 с несколькими переменными, которые я хочу автоматически сохранить в списке или матрице. library(rhdf5) file = H5Fopen("myfile.h5") file HDF5 FILE name / filename name otype dclass dim 0 AGB_CO H5I_DATASET FLOAT 3 1 AGB_CUT H5I_…
24 авг '16 в 18:02
1 ответ

R дата возникновения времени в секундах

У меня ежедневно есть временной ряд в секундах с начала работы (00:00 UTC). Поскольку я хочу построить временные ряды других данных, я хочу преобразовать временные ряды в секундах в даты. Все данные поступают из файла hdf5, прочитанного с пакетом rh…
30 янв '17 в 15:28
1 ответ

Как избежать печати / показа сообщений

Этот вопрос задавался ранее, но ни один из ответов не работает для меня. Я использую библиотеку rhdf5 от bioconductor.org для чтения файлов HDF5: источник (" http://bioconductor.org/biocLite.R "); biocLite ("rhdf5"); библиотека (rhdf5); Когда я испо…
30 июн '16 в 08:44
0 ответов

Отсутствует DatetimeIndex после чтения h5 с R

У меня есть файл.h5, который при открытии с пандами в Python выглядит так: my_file.info() DatetimeIndex: 3641767 записей, 2016-02-27 10:23:52 до 2016-03-18 17:39:52 Столбцы данных (всего 10 столбцов): ЕСС... Теперь я попытался импортировать его в R,…
19 июн '16 в 18:10
0 ответов

Изменить, удалить или добавить данные в файлы hdf5 с помощью R

У меня есть файл hdf5 с несколькими атрибутами, каждый атрибут является либо матрицей, либо массивом. Я хотел бы изменить некоторые атрибуты, добавив или удалив столбец в матрице. Как это может быть сделано? Я пытался с библиотекой rhdf5 в R, но я н…
06 апр '17 в 12:57
1 ответ

Выбор пар чисел из кадра данных

У меня есть такой кадр данных: row col 1 1 1 50 1 55 2 75 и я хочу выбрать все значения строки и столбца, которые являются парными, чтобы я мог вставить их в функцию. Я пытаюсь этот код: library(rhdf5) for(row in df$row){ for (col in df$col){ apixel…
27 мар '17 в 00:16