R: ошибка при чтении файлов.h5 из R с использованием пакета rdhf5

Question

Я новичок в hdf5 файлах. Попытка прочитать некоторые примеры файлов по указанному ниже URL-адресу. https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/

при попытке чтения одного из файлов.h5 в среде R

library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_sofloat.h5")

Я получаю ошибку ниже

Ошибка в H5Fopen(файл "H5F_ACC_RDONLY"): HDF5. Доступность файла. Невозможно открыть файл.

помощь приветствуется.

Answer 1

Были некоторые проблемы с самой Windows, которая зашифровывала файл hdf5 при загрузке его с параметрами по умолчанию. при загрузке просто поменяй режим на "wb"..

file_url <- "http://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/h5ex_d_sofloat.h5"
library(rhdf5)
download.file(url = file_url,destfile = "h5ex_d_sofloat.binary.h5",mode = "wb")
h5ls("h5ex_d_sofloat.binary.h5")


>   group name       otype dclass     dim
0     /  DS1 H5I_DATASET  FLOAT 64 x 32

я получил это решение от самого biocondutor... https://support.bioconductor.org/p/97311/