Описание тега reproducible-research
Воспроизводимое исследование - это идея о том, что результат научного исследования должен публиковаться с данными и кодом, чтобы другие исследователи могли проверить результаты.
10
ответов
Модульные тесты для функций в ноутбуке Jupyter?
У меня есть блокнот Jupyter, который я планирую запустить несколько раз. В нем есть функции, структура кода такова: def construct_url(data): ... return url def scrape_url(url): ... # fetch url, extract data return parsed_data for i in mylist: url = …
21 окт '16 в 08:52
0
ответов
Настройка структуры данных R для воспроизводимых исследований
Фон Я получаю почасовые интервальные отчеты об оборудовании в зданиях, большом количестве зданий и большом количестве оборудования. Каждый параметр на оборудовании называется точкой, и у них уже есть имя, я не могу выбрать название точки. Каждое имя…
23 фев '18 в 20:49
0
ответов
Возможен ли воспроизводимый сравнительный анализ?
Мне нужно протестировать некоторые каркасы узлов или, по крайней мере, их часть маршрутизации. Это означает, что запрос поступает в процесс узла для обработки до тех пор, пока не будет определен маршрут и не будет вызвана функция / класс с бизнес-ло…
19 мар '17 в 17:50
0
ответов
Маркировка переменных в результатах регрессии (воспроизводимые исследования)
Я добился того, чтобы получить правильно отформатированные результаты регрессии, используя функцию glm(), а затем построил таблицу (myTable). > myTable <- cbind("Estimate" = coef(FulMod), "Std. Error" = summary(FulMod)$coefficients[,2], ,"p va…
06 янв '14 в 14:41
1
ответ
Пакет для форматирования числовых значений в воспроизводимых исследованиях
Существует ли стандартный способ преобразования числовых значений в символы с применением определенного типа форматирования. Я думаю о чем-то вроде: formatR(32390,"dollars") # returns "$32,390" formatR(1.25,"percent") # returns "125%" Очевидно, не т…
13 май '13 в 17:45
0
ответов
install_bitbucket или install_github и установить конкретные версии зависимостей
У меня есть пакет, размещенный в частном репозитории bitbucket, и я хотел бы установить мой пакет вместе с конкретными версиями его зависимостей, указанными в разделе Depends файла DESCRIPTION: Depends: R (>= 2.15.0), foo (== 1.17-12) Есть ли спо…
30 янв '15 в 00:12
0
ответов
Альтернативный подход к воспроизводимым исследованиям, где исходный код является основной средой
TL;DR: Подход общего динамического документа (стиль записной книжки IPython) к воспроизводимым исследованиям обычно не приводит к многократному использованию модулей исходного кода. Существуют ли инструменты / подходы, которые используют исходный ко…
30 дек '15 в 19:47
0
ответов
Как я могу получить данные для выполнения таких операций, как ANOVA для исследовательских работ?
Как получить данные для анализа для исследовательских работ, так как я не могу довести свой аппарат до 100 пациентов и измерить необходимые параметры. Есть ли доступный банк данных?
06 фев '19 в 18:02
1
ответ
Выборка графика в R
Я хочу сделать ориентированный граф в R, создав 2 фрейма данных: один для вершин и один для ребер. Кроме того, мой график должен иметь следующие атрибуты: Нет круга (следовательно, нет A -> A) Существует максимум 1 ребро между 2 узлами. Я пришел с к…
26 май '16 в 13:21
3
ответа
Безопасность формата архива xz
Ища хороший вариант для хранения больших объемов данных (в основном из численных расчетов) в долгосрочной перспективе, я пришел к использованию xz формат архива (tar.xz). Сжатие по умолчанию LZMA обеспечивает значительно лучший размер архива (для мо…
14 июн '18 в 08:42
0
ответов
Повышение градиента и его использование
Я попытался найти несколько примеров применения "повышения градиента", но не смог найти реального понимания. Может ли кто-нибудь помочь в обеспечении лучшего понимания "повышения градиента" с некоторыми примерами из реальной жизни, которые решаются …
08 июн '18 в 05:17
2
ответа
Млр: почему воспроизводимость настройки гиперпараметра не удается при распараллеливании?
Я использую код на основе примера быстрого запуска в mlr шпаргалка Я добавил распараллеливание и попытался настроить параметры несколько раз. Вопрос: Почему воспроизводимость не работает (почему результаты не идентичны), даже если я установил set.se…
13 июл '18 в 22:11
1
ответ
Используя систему сборки для воспроизводимых исследований?
Я делаю исследовательский проект, который включает в себя конвейер программ, каждый из которых генерирует выходной файл, который становится входом для следующей программы. Я хотел бы упростить повторение серии команд, которые я использовал для созда…
11 авг '10 в 09:01
2
ответа
Как импортировать / расширять ссылки noweb в оцененных (экспортируемых) исходных блоках в org-babel?
Я пытаюсь сделать что-то вроде этого: * Define some functions #+begin_src python :noweb_ref defs def f1(a,b,c): return True def f2(d,e,f): return False #+end_src * Use them in a results-exported block later #+begin_src python :results output :export…
18 мар '13 в 18:22
1
ответ
Использование knitr для создания сложных динамических документов
Минимальный воспроизводимый пример (RE) ниже - моя попытка выяснить, как я могу использовать knitr для генерации сложных динамических документов, где "сложный" здесь относится не к элементам документа и их разметке, а к нелинейной логике базовых фра…
07 сен '14 в 23:13
1
ответ
Проблема с установкой Pandoc на Ubuntu 14.04LTS для использования с R Markdown
Этот вопрос является следствием моих попыток получить некоторый опыт в создании воспроизводимых отчетов из R Markdown документы через knitr а также rmarkdown Р. пакеты. Пока кажется что .Rmd => HTML преобразование автоматизировано изнутри RStudio…
21 июл '14 в 10:42
1
ответ
Блок кода с использованием repmis::dropboxData работает в одном проекте Rstudio, но не в другом
У меня есть два R проекта, связанных с репозиториями GitHub. Я использую функцию repmis source_DropboxData для загрузки файла, а затем tbl_df в dplyr В обоих проектах код: require(repmis) require(plyr) require(dplyr) require(tidyr) require(ggplot2) …
12 фев '15 в 14:46
1
ответ
Scrapy: Как воспроизвести результаты, не загружая HTML снова?
Загрузив HTML-код на мой жесткий диск с помощью Scrapy (например, используя встроенный Экспортер элементов с полем HTMLили сохраняя все файлы HTML в папке), как я могу использовать Scrapy, чтобы снова прочитать данные с моего жесткого диска и выполн…
20 июн '17 в 05:17
1
ответ
Воспроизвести линейный график в matplotlib или R
Я наткнулся на замечательную фигуру, которая суммирует (научное) сотрудничество авторов за годы. Фигура наклеена ниже. Каждая вертикальная линия относится к одному автору. Начало каждой вертикальной линии соответствует году, в течение которого соотв…
09 ноя '16 в 15:03
2
ответа
Регистрация входа и выхода в консоли Spyder
Я научился манипулировать данными и анализировать их через Stata и использовал команду log для записи всех написанных команд и сгенерированного вывода. При этом я мог воспроизвести свои результаты, проверить предыдущие результаты и поделиться ими с …
29 ноя '18 в 05:50