rdkit: Как показать количество атомов в молекулярной среде

Question

Здравствуйте! Я пытался использовать пакет rdkit, чтобы завершить работу по отображению чисел атомов молекулы в Jupyter Notebook, "import IPython.core.interactiveshell" и "import InteractiveShell", а также "из rdkit.Chem.Draw импортировать DrawingOptions", затем Я использовал "DrawingOptions.includeAtomNumbers=True" для его работы, но в результате индекс атомов вообще не отображался. Я не знаю, в чем причина того, что число атомов не показывалось. Поэтому я хочу порадовать вас дать подходящий ответ. Большое спасибо!

Answer 1

Есть три способа показать номера атомов в молекуле.

      from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

def show_atom_number(mol, label):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetProp(label, str(atom.GetIdx()+1))
    return mol

1. Вместо атомов

      mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'atomLabel')

2. Наряду с атомами

      mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'molAtomMapNumber')

3. Поверх атомов

      mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'atomNote')

Если вы хотите изменить отображаемые числа, измените часть str(atom.GetIdx()+1) согласно вашим требованиям.

Answer 2

Это работает для меня в ноутбуке Jupyter:

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

smiles = 'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(mol, includeAtomNumbers=True)

Answer 3

В версии 2020.03.2.0 вы могли попробовать

from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit import Chem

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1O')
d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(250, 200)
d.drawOptions().addAtomIndices = True
d.DrawMolecule(mol)
d.FinishDrawing()
with open('atom_annotation_1.png', 'wb') as f:   
    f.write(d.GetDrawingText())