Проблема рисования RDKit: граф отпечатков пальцев не отображался с помощью команды Draw.DrawRDKitBit

Question

Я просто скопировал и вставил этот код из rdkit ( https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html), который я ожидал для создания графиков. Тем не менее, я получил длинную строку.

from rdkit import Chem 
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1CC1CC1')
bi = {}
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=2, bitInfo=bi)
mfp2_svg = Draw.DrawMorganBit(mol, 872, bi)
rdkbi = {}
rdkfp = Chem.RDKFingerprint(mol, maxPath=5, bitInfo=rdkbi)
rdk_svg = Draw.DrawRDKitBit(mol, 1553, rdkbi)

кто-нибудь знает, как решить эту проблему? Большое спасибо в продвинутом.

Я сейчас использую Python 3.6 и последнюю версию rdkit (2018.09.1.0) на Windows

Answer 1

Чтобы увидеть изображение в блокнотах IPython или Jupyter, просто добавьте

from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

RDKit "GettingStarted" не использовал Ipython для примеров сценариев, поэтому импорт IPythonConsole никогда не объявляется, хотя и не является новым.

Загляните в блог RDKit или поищите ноутбуки в Интернете, и вы увидите, что это стандарт.