Описание тега rcppparallel

Описание тега Вопросы с тегом
1 ответ

Евклидова матрица расстояний между двумя фигурами

Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что мне нужно вычислить евклидову матрицу расстояний между фигурами, которая может варьироваться от 20000 до 60000 точек, что дает объемы данных 10-20 ГБ. Я должен выполнить каждое из этих вычисл…
09 ноя '17 в 22:14
1 ответ

Применить функцию к нескольким группам, используя функции Rcpp и R

Я пытаюсь применить функцию к нескольким группам / идентификаторам в r, используя foreach пакет. Работа с параллельной обработкой через %dopar%так что мне было интересно, можно ли запустить apply или для части петли в c++ с помощью rcpp или другие п…
17 ноя '18 в 02:32
1 ответ

Rcpp:: Функция в parellel для секции

Я пытаюсь распараллелить для цикла вычислительной пригодности людей. Для всего этого алгоритма я использую Rcpp, но фитнес-функция передана из R. Поэтому я пытаюсь сделать что-то вроде этого: #pragma omp parallel for for (int i = 0; i < populatio…
23 фев '19 в 10:27
0 ответов

Вложенные пространства имен в Rcpp

У меня есть рабочий пакет R, включая необходимый рабочий R/Cpp. Мой вопрос здесь больше о "хороших методах" при использовании вложенного пространства имен. В настоящее время мой пакет имеет; 1) функции затрат, 2) функции оптимизации, 3) параллельные…
16 янв '19 в 04:32
2 ответа

Самый быстрый способ многопоточности - быстрый выбор всех столбцов или всех строк матрицы в Rcpp - OpenMP, RcppParallel или RcppThread

Я использовал этот код Rcpp, чтобы быстро выбрать вектор значений, т.е. получить k-й по величине элемент из вектора за O(n) время (я сохранил это как qselect.cpp): // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]] #include <RcppArmadillo.h> using namespace …
23 фев '19 в 21:15
1 ответ

std::mt19937 в Rcpp

Эта проблема возникла из-за тестирования моего пакета R (RcppParallel) в Windows через win-builder-r, так как для моего Mac проблем нет. "error: 'mt19937' is not a member of 'std'" Кроме того, эта ошибка появляется первой: D: /Compiler/gcc-4.9.3/min…
09 окт '18 в 07:07
2 ответа

Посев для многопоточного unif_rand()

Я хочу посеять внутреннюю часть R unif_rand() в многопоточной среде. Приведенный ниже код генерирует матрицу из 2 столбцов из одинаковых случайных чисел в двух потоках. Результаты интересные. struct mtRunif: public RcppParallel::Worker { int Nrow; /…
04 июн '18 в 17:02
0 ответов

Как выбрать строку или столбец RMatrix в RcppParallel

Мне нужно работать с RcppParallel::RMatrix, Ранее я работал с Rcpp только. Но теперь для RcppParallel Мне нужна документация Нравится Что Rcpp есть. Например я Rcpp::NumericMatrix Мы можем выбрать строку или столбец с заполнителем "_" как это: Numer…
06 сен '17 в 22:45
2 ответа

Неопределенная ссылка на пользовательскую функцию в работнике (C++ и RcppParallel)

Я новичок в программировании на C++, пытаюсь поэкспериментировать с Rcpp через R. Я создал функцию для получения всех возможных k-мер из строки. Хорошо работает в последовательной форме: #include <Rcpp.h> #include <string> #include <i…
20 апр '17 в 06:21
1 ответ

Rcppparallel начальной загрузки

Я предполагаю, или, скорее, надеюсь, что у меня есть единственная решаемая проблема или, возможно, много мелких проблем, и я должен отказаться. В любом случае, я относительно новичок в Rcpp и крайне не осведомлен о параллельных вычислениях и не могу…
05 июл '18 в 05:12
0 ответов

Печать на терминал в многопоточной среде для пакета CRAN R

Я обновляю пакет CRAN, который требует компиляции C++. CRAN запрещает std::cout << но позволяет Rcpp::Rcout <<, Последний, однако, вылетает из программы в многопоточной среде. я использую RcppParallel для многопоточности. Есть ли альтерн…
08 апр '18 в 22:05
2 ответа

Потокобезопасный указатель на функцию с Rcpp и RcppParallel через std::shared_ptr

Я хотел бы использовать указатель на функцию безопасности потока, который будет применяться в RcppPrallel работника. Но у меня уже есть проблемы с этим крошечным примером. Неважно, если я использую его в пакете и добавить SystemRequirements: C++11 в…
23 июл '18 в 14:29
0 ответов

Как создать потокобезопасную оболочку Rcpp::CharacterMatrix с RcppParallel?

У меня есть задача, где мне нужно обработать большую матрицу (миллионы строк, сотни столбцов) строк символов. Каждая операция строки независима. Поэтому я хотел бы использовать некоторые параллельные вычисления для увеличения скорости всего проекта.…
15 апр '17 в 08:53
1 ответ

RcppParallel RVector push_back или что-то подобное?

Я использую RcppParallel, чтобы ускорить некоторые вычисления. Тем не менее, у меня не хватает памяти в процессе, поэтому я хотел бы сохранить результаты в параллельном цикле, которые превышают порог релевантности. Ниже приведен пример с игрушкой, и…
13 мар '18 в 17:12
1 ответ

RcppParallel Распараллеливание вычисления расстояния: segfault

У меня есть матрица, для которой я хочу вычислить расстояние (скажем, евклидово) между i- й строкой и каждой второй строкой (т.е. я хочу, чтобы i- я строка матрицы попарных расстояний). #include <Rcpp.h> #include <cmath> #include <alg…
10 авг '17 в 15:55
0 ответов

Мой код Rcpp задерживается, чтобы показать напечатанное сообщение

У меня есть код Rcpp, внутри которого у меня есть сообщение, которое будет распечатано как: "Номер итерации ---" после каждых 100 итераций. Для этого я использовал код: Rcout << "The number of iteration is : " << t << "\n"; Проблем…
06 ноя '17 в 16:13
0 ответов

Можно ли использовать RcppParallel с Eigen SparseMatrix?

Я пытаюсь портировать функцию, которая преобразует все ненулевые записи в sparsematrix, используя RcppEigen для параллельной работы с RcppParallel, но я не могу заставить его работать. Т.е. с этим источником: #include <RcppEigen.h> #include &l…
08 авг '17 в 03:01
0 ответов

RcppParallel и C++. Непоследовательные результаты

Я играл с RcppParallel и написал довольно простой пример, чтобы выяснить, как все работает. Код отображается ниже. Функция float pdf(double x, double sigma) вычисляет масштабированную версию гауссовского распределения со средним 0 и сигмой стандартн…
11 июл '17 в 12:51
0 ответов

Можем ли мы передать Rcpp::List или вектор векторов в функцию RcppParallel?

У меня есть список R, который я конвертирую в вектор векторов в Rcpp. Теперь я хочу использовать RcppParallel, чтобы использовать несколько ядер. Могу ли я передать такой список или вектор векторов в RcppParallel, аналогичный IntegerMatrix или Integ…
14 сен '18 в 16:50
1 ответ

Параллельное добавление векторов с использованием RcppParallel

Я пытаюсь распараллелить добавление (больших) векторов с помощью RcppParallel. Это то, что я придумал. // [[Rcpp::depends(RcppParallel)]] #include <RcppParallel.h> #include <Rcpp.h> #include <assert.h> using namespace RcppParallel;…
09 ноя '18 в 21:31