Неопределенная ссылка на пользовательскую функцию в работнике (C++ и RcppParallel)

Question

Я новичок в программировании на C++, пытаюсь поэкспериментировать с Rcpp через R. Я создал функцию для получения всех возможных k-мер из строки. Хорошо работает в последовательной форме:

#include <Rcpp.h>
#include <string>
#include <iostream>
#include <ctime>
// using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
std::vector< std::string > cpp_kmer( std::string s, int k ){
  std::vector< std::string > kmers;
  int seq_loop_size = s.length() - k+1;
  for ( int z=0; z < seq_loop_size; z++ ) {
    std::string  kmer;
    kmer = s.substr( z, k );
    kmers.push_back( kmer ) ;
  }
  return kmers;
}

Тем не менее, когда я пытаюсь использовать эту функцию в параллельной реализации (используя RcppParallel), с кодом ниже:

#include <Rcpp.h>
#include <string>
#include <iostream>
#include <ctime>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <RcppParallel.h>
using namespace RcppParallel;

struct p_cpp_kmer : public Worker {
  // input string
  std::vector< std::string > seqs;
  int k;
  std::vector< std::string > cpp_kmer( std::string s, int k );
  // destination list
  List output;
  std::string
    sub_s;
  // initialize with source and destination
  p_cpp_kmer(std::vector< std::string > seqs, int k, List output) 
    : seqs(seqs), k(k), output(output) {}

  // calculate k-mers for the range of sequences requested
  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {
    for (std::size_t i = begin; i < end; i++)
      sub_s = seqs[i];
      cpp_kmer(sub_s, k);
  }
};

// [[Rcpp::export]]
List par_cpp_kmer(std::vector< std::string > seqs, int k, bool v){
  // allocate output list 
  List outpar(num_seqs);
  int num_seqs = seqs.size();
  // p_cpp_kmer functor (pass input and output matrixes)
  p_cpp_kmer par_kmer(seqs, k, outpar);
  parallelFor(0, num_seqs, par_kmer);
  return wrap(outpar);
}

std::vector< std::string > cpp_kmer( std::string s, int k ){
  std::vector< std::string > kmers;
  int seq_loop_size = s.length() - k+1;
  for ( int z=0; z < seq_loop_size; z++ ) {
    std::string  kmer;
    kmer = s.substr( z, k );
    kmers.push_back( kmer ) ;
  }
  return kmers;
}

Он не компилируется, давая: неопределенную ссылку на ошибку p_cpp_kmer::cpp_kmer(std::string, int)'.

Я знаю, что это связано с объявлением / ссылкой на cpp_kmer, но я просто не могу понять, где / как это сделать надлежащим образом (из-за недостатка знаний в C++).

Заранее большое спасибо.

Answer 1

Что происходит, что ваш p_cpp_kmer структура объявляет cpp_kmer метод, но он никогда не определяется. Вместо этого то, что определено позже, является свободной функцией cpp_kmer,

Вы объявляете этот метод

std::vector< std::string > cpp_kmer( std::string s, int k );

Вы, кажется, хотите использовать это:

void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {
  for (std::size_t i = begin; i < end; i++)
    sub_s = seqs[i];
    cpp_kmer(sub_s, k);
}

Но вместо этого вы определяете свободную функцию cpp_kmer Вот:

std::vector< std::string > cpp_kmer( std::string s, int k ){
  std::vector< std::string > kmers;
  int seq_loop_size = s.length() - k+1;
  for ( int z=0; z < seq_loop_size; z++ ) {
    std::string  kmer;
    kmer = s.substr( z, k );
    kmers.push_back( kmer ) ;
  }
  return kmers;
}

Вы можете удалить определение cpp_kmer метод в структуре, так что используется свободная функция, или фактически определить ее.

Есть дополнительные проблемы с кодом:

• В вашем operator() Вы отбрасываете результат. Я думаю, вы хотите иметь это вместо output[i] = cpp_kmer(sub_s, k);

• даже если вы делаете что-то подобное выше, код небезопасен, потому что output[i] = cpp_kmer(sub_s, k); выделяет объекты R (каждая отдельная строка R и вектор строки), что не может происходить в отдельном потоке.

Если вы действительно хотите сделать это параллельно, вам нужно убедиться, что вы не выделяете какой-либо объект R в рабочих.

Кроме того, написание параллельного кода намного проще, если рассмотреть возможность использования C++11 и библиотеки tbb, лежащей в основе RcppParallel, Например:

#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>

using namespace Rcpp;
using namespace RcppParallel;

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]

using string_vector = std::vector< std::string > ; 
using list_string_vector = std::vector<string_vector> ;

// [[Rcpp::export]]
list_string_vector par_cpp_kmer( string_vector  seqs, int k, bool v){
  int num_seqs = seqs.size() ;

  list_string_vector out(num_seqs) ;

  tbb::parallel_for( 0, num_seqs, 1, [&seqs,k,&out](int i){
    std::string& s = seqs[i] ;
    int seq_loop_size = s.length() - k+1;

    std::vector<std::string> vec(seq_loop_size) ;
    for ( int z=0; z < seq_loop_size; z++ ) {
      vec[z] = s.substr( z, k );
    }
    out[i] = vec ;

  }) ;
  return out ;
}

Это при условии, что std::string можно выделить в отдельных потоках:

> par_cpp_kmer( c("foobar", "blabla"), 3 )
[[1]]
[1] "foo" "oob" "oba" "bar"

[[2]]
[1] "bla" "lab" "abl" "bla"

Answer 2

У вас, вероятно, есть реализация для cpp_kmer для другой структуры (или в общедоступном пространстве имен), но вам не хватает реализации функции-члена cpp_kmer в вашей структуре p_cpp_kmer, Вам нужно будет добавить реализацию вроде:

std::vector< std::string > p_cpp_kmer::cpp_kmer( std::string s, int k ) {
  // your implementation goes here
}