Описание тега pymol
PyMOL is an open-source, cross-platform molecular visualization system. PyMOL is free to academic users, and has a community-run support wiki that includes documentation, sample scripts, plugins, and more.
1
ответ
Как создать петлю переименования pymol
Я хотел бы создать цикл для изменения имени взаимодействия в PyMol. Но после одного цикла выбора он падает и не работает. def get_dists(interactions): # interactions=([1,2], [3,4]) for i in interactions: a = "////" + str(i[0]) + "/C2'" b = "////" + …
21 июн '16 в 12:20
2
ответа
Как заставить PyMOL рисовать связи между атомами в консоли / скрипте?
Я хочу, чтобы скрипт PyMOL автоматически рисовал связи для данной структуры, например, между всеми атомами палладия или между всеми атомами палладия и серы. Я могу сделать это вручную с помощью bond команда, но нужно знать идентификаторы атомов: bon…
20 май '15 в 12:33
1
ответ
Пимол из Питона, без фона
Я запускаю скрипт из python в pymol, все нормально, пока не появится эта строка: cmd.set('ray_opaque_background', 0) У меня есть функция для сохранения готовых структур, все в порядке, никаких ошибок не возникает, но фон не прозрачный, он все еще че…
01 сен '15 в 11:33
1
ответ
Настройка соединения с PyMOL python
Я создал карту контактов с помощью matplotlib в wxpython, теперь я хочу установить соединение с pyMOL. Я хочу, чтобы моя программа была похожа на CM-View, где, когда вы наводите курсор мыши на точки на карте контактов, она показывает 2 контакта в Py…
01 мар '13 в 15:26
1
ответ
Как показать расстояние между остатками в Пимоле
С этим файлом PDB и следующим кодом PyMOL: cd /Users/foo/Desktop/ reinitialize load pdp_4gg6CD1_I.pdb as cartoon select chainI, chain I select chainC, chain C select chainD, chain D show sticks, chainI spectrum count, cyan_red, chainI color yellow, …
21 июн '16 в 10:44
2
ответа
PyMOL получить название выбранного белка
Поэтому я использую скрипт PyMOL для поиска поверхностных остатков в белке (находится по адресу http://www.pymolwiki.org/index.php/FindSurfaceResidues). И мне нужно написать текстовый файл, содержащий название белка, который в данный момент выбран в…
06 фев '14 в 03:15
1
ответ
PyMol: выберите остатки, для которых я нашел водородные связи
Используя PyMol, я могу показать водородные связи, используя Action -> Find -> Polar Contacts. Это создает контакты, но я хочу показать их четко, показывая только остатки, которые имеют эти контакты и ничего больше (в настоящее время вид очень неясе…
03 апр '18 в 15:27
1
ответ
Ошибка установки Pymol
Я пытаюсь установить pymol на Centos 6.5. После запуска setup.sh все выглядит нормально. Но когда я запускаю pymol, я получаю эту ошибку: /opt/pymol/pymol.exe: ошибка при загрузке общих библиотек: libGLU.so.1: не удается открыть файл общих объектов:…
15 окт '14 в 14:09
1
ответ
Вызов мастера PyMOL
Я хотел бы вызвать одного из мастеров из меню PyMOL в моем скрипте Python. Мой скрипт - это код Python, который использует библиотеку wx. Кто-нибудь знает, можно ли это сделать?
01 фев '13 в 09:24
1
ответ
Увеличьте длину истории PyMOL
Я делаю некоторые манипуляции в MacPyMOL, и стандартная длина истории командной строки слишком коротка для моих нужд. Кто-нибудь знает, как его увеличить?
25 май '15 в 17:05
1
ответ
Pymol игнорировать скрытый объект в скрипте Python
Я пишу скрипт на Python, запускаемый из командной строки PyMol, чтобы рисовать расстояния между конкретными ядрами. Это работает! Сейчас я пытаюсь нарисовать расстояния только между цепями, которые не скрыты в средстве просмотра PyMol. Это было бы у…
20 июн '17 в 23:02
1
ответ
Выбор консервативных остатков в белке с помощью скрипта PyMol путем импорта списка остатков из текстового файла
Я хотел выбрать некоторые высококонсервативные остатки в белке (вычисленные с помощью механизма подсчета и перечисленные в текстовом файле - каждый остаток в одной строке), используя скрипт PyMol. Скрипт PyMol, который я использую ниже, не работает.…
07 дек '12 в 17:18
1
ответ
Почему сценарий pymol (pml), созданный python, не работает правильно в PyMoL?
Я написал скрипт на python, который берет исходный результат и выводит его как скрипт pml (серия команд PyMoL). Когда я запускаю файл в pymol, некоторые команды запускаются, но командная строка возвращает "Недопустимый выбор" Selector-Errors. Наприм…
07 авг '17 в 17:51
1
ответ
Проект XCode, включающий Python2 и Python3
Привет я пытаюсь написать два сценария Python для одного проекта. Моя цель состоит в том, чтобы внешний интерфейс некоторого анализа был выполнен в python3 с выводом множества текстовых файлов (завершено). Бэкэнд анализа будет читать текстовые файлы…
15 май '15 в 21:22
2
ответа
Как установить пакет Python внутри Pymol
Есть ли способ использовать setuptools внутри интерпретатора Python для установки пакета? Когда вы открываете PyMOL, запускается интерпретатор Python, поэтому я подумал, что смогу использовать его для установки пакетов, поскольку я не могу использов…
30 сен '14 в 10:32
1
ответ
Как включить цикл Python в командной строке Pymol?
Здесь сказано, что скрипт должен использоваться в командной строке pymol. Я хотел бы вывести много расстояний, используя цикл после прочтения этого. Но я получил сообщение об ошибке: File "<string>", line 1 for i in range(resi_total_n): ^ Syn…
18 дек '17 в 18:21
1
ответ
Создайте новое окно / поток Tk в сеансе PyMOL и выведите на него граф matplotlib
Я хотел бы построить график с помощью библиотеки matplotlib и вызвать его из PyMOL как отдельное окно Tkinter (Tk). Кажется, что эта задача не простая, так как требует нескольких потоков, а также некоторой настройки мелодии matplotlib / Tk ( https:/…
24 мар '15 в 13:56
0
ответов
Tkinter "out of stack stack" ошибка с Pymol на Windows
Я писал плагин для Pymol (программное обеспечение для визуализации макромолекулярных структур). Для этого я использую python и tkinter. Мой плагин работает, и я могу зарегистрировать его в меню "Плагин" Pymol. После установки файла plugin.py из собс…
18 янв '17 в 10:43
0
ответов
Папка программы, кажется, не находится там, где она называется
Я хочу видеть местоположение папки, принадлежащей программному обеспечению (PyMol). Для этого я набрал это в терминале Linux: $ which pymol и это дает: $ usr/local/bin/pymol Это означает, что в папке "bin" есть подпапка с именем "pymol". Однако, ког…
07 ноя '18 в 11:18
1
ответ
Переместить / повернуть объект в PyMOL
Я пишу плагин для PyMOL. У меня уже есть какая-то сфера (скомпилированный графический объект), и теперь мне нужно изменить ее координаты. Какую команду мне нужно использовать, чтобы установить новые координаты для моей сферы cgo? Когда я создаю объе…
09 авг '13 в 10:32