PyMol: выберите остатки, для которых я нашел водородные связи

Question

Используя PyMol, я могу показать водородные связи, используя Action -> Find -> Polar Contacts. Это создает контакты, но я хочу показать их четко, показывая только остатки, которые имеют эти контакты и ничего больше (в настоящее время вид очень неясен из-за остатка белка).

Я хочу выбрать все остатки, которые имеют водородные связи, которые я нашел. Как я могу это сделать?

В качестве альтернативы, как можно показать водородные связи между двумя цепями в кармане, чтобы они были хорошо видны?

Answer 1

Вы можете найти контакты вокруг лиганда или части молекулы, определив эти контакты как новый выбор. Пожалуйста, прочитайте о выборках здесь ( https://pymolwiki.org/index.php/Select) или выберите мышью, а затем перейдите к (sele) и переименуйте его. Используйте имя myligand. Затем в командной строке вы можете найти контакты на расстоянии 3,5 Å и назвать эти контакты выбора:

select contacts, myligand around 3.5

Обратите внимание, что я выбрал 3,5 Å при условии, что у вас есть файл PDB, в котором атомы водорода не отображаются из-за низкого разрешения. Конечно, вы получите все контакты на этом расстоянии, а не только водородные связи, поэтому вы должны создать выделение в милиганде до того, как оно будет содержать только ваши атомы, которые потенциально могут участвовать в Н-связях.

На следующем шаге вы создаете новый список контактов, содержащий все остатки контактов, используя byres:

select contactsfull, byres contacts

Теперь вы можете независимо стилизовать контакты и свой белок. Чтобы отобразить H-связи, я бы затем использовал Find -> Polar Contacts, который создает другой выбор только с H-связями, которые вы можете стилизовать по своему усмотрению.