Описание тега htslib
0
ответов
Как правильно связать библиотеку C в сборке Cython C++
У меня есть скомпилированная библиотека C htslib в моем каталоге верхнего уровня модуля это сначала создается с использованием ./configure; make за пределами Python перед запуском python setup.py install. Я пытаюсь использовать заголовки, перечислен…
11 май '20 в 17:50
1
ответ
Используйте Htslib для файлов VCF, извлекая информацию об альтернативных аллелях
Я работаю с C++ для обработки файлов VCF, для этого я использую библиотеку vcf из htslib (https://github.com/samtools/htslib/blob/develop/htslib/vcf.h). Я знаю, что могут быть библиотеки получше, но я также работаю с другими форматами файлов, для ко…
23 ноя '20 в 17:22
1
ответ
Как извлечь информацию о генотипе для каждого образца в виде строки из файла VCF с помощью htslib?
Я использую htslib для извлечения всей информации, содержащейся в файле VCF на C++. В настоящее время, благодаря спецификации VCF и документации в файле , я успешно извлек всю информацию метаданных в заголовке ( строки метаинформации ) и большую час…
07 фев '21 в 02:36
1
ответ
Невозможно установить htslib v1.12 с помощью conda
Мне не удалось установить htslib v1.12 с помощью conda, используя любую команду: conda install -c bioconda htslib conda install -c bioconda/label/broken htslib С использованием conda install -c bioconda/label/cf201901 htslib дал мне htslib v1.9. Кто…
24 апр '21 в 07:25
1
ответ
Как я могу загрузить модули C++ и включить флаги компиляции как часть компиляции пакета Rcpp?
Я использую Rcpp, чтобы обернуть программу на C ++ в пакет R. Моей программе на C ++ требуется следующий заголовок: #include "htslib/sam.h" Перед компиляцией я обычно загружаю в Ubuntu следующий модуль: HTSlib/1.11-GCC-9.3.0 Обычно я компилирую сцен…
03 июл '21 в 16:08
1
ответ
Можно ли сделать Rcpp::wrap без копирования для очень большого std::vector
У меня есть функция Rcpp, которая читает большой файл BAM (1-20 ГБ, используя htslib) и создает несколько очень длинных (до 80M элементов). Перед чтением количество элементов неизвестно, поэтому я не могу использовать Rcpp::IntegerVector а также Rcp…
18 окт '21 в 10:34
0
ответов
Тестирование установки Docker завершается неудачно из-за отсутствия зависимости, которая была установлена ранее
Я пытаюсь создать проект python для Ubuntu 18.04 через докер, который проходит тестирование установки. Мой compile.dockerfile включает в себя это: RUN apt-get update && \ apt-get install --yes --no-install-recommends \ zlib1g-dev \ libbz2-de…
21 ноя '22 в 16:03
0
ответов
Проблема с Dockerfile при запуске команды autoheader: «Невозможно найти strict.pm в @INC»
Я работаю над своим первым файлом docker и пытаюсь установить htslib, но получаю следующую ошибку «не могу найти строгий.pm». Кто-нибудь знает, что это может быть или как это исправить? ---> Running in 0fd66f94ef7c + mkdir -p /opt + cd /opt + ls …
20 апр '23 в 00:56