Невозможно установить htslib v1.12 с помощью conda

Question

Мне не удалось установить htslib v1.12 с помощью conda, используя любую команду:

      conda install -c bioconda htslib
conda install -c bioconda/label/broken htslib

С использованием conda install -c bioconda/label/cf201901 htslib дал мне htslib v1.9.

Кто-нибудь знает, как установить v1.12 с помощью conda? Спасибо!

Answer 1

Ссылки OP на директивы взяты из Anaconda Cloud, они являются общими и упускают нюансы, которые часто возникают при использовании специализированных каналов. В частности, Bioconda ожидает следующей приоритизации каналов:

      channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

Это порядок, который Bioconda использует при создании и тестировании пакетов. Несоблюдение этого правила может привести к неопределенному поведению.

Лучше всего либо установить это глобально - отлично, если вы в основном работаете с программным обеспечением для биоинформатики, - либо установить его специфичным для env способом (т. Е. Использовать conda config --env).

В противном случае, чтобы имитировать этот приоритет канала вручную, можно было бы использовать

      conda install --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults htslib=1.12

но в большинстве случаев можно уйти с рук

      conda install -c conda-forge -c bioconda htslib=1.12