Масса ошибок макросов колокализации JACoP

Question

Я пробовал бесчисленное количество комбинаций путей, чтобы попытаться заставить мой макрос работать для анализа очень большого набора изображений с использованием JACoP. Любые предложения о том, что может быть проблемой?

эта итерация приблизила меня (я думаю) к тому, чтобы заставить его работать. Он даже загружает изображения, как показано на прикрепленных фотографиях, но на самом деле не анализирует сами изображения. Я думаю, что это может быть связано с тем, что я неправильно настроил цикл для повторения? а может я неправильно назначаю каналы? довольно потерялся в том, что делать дальше, и в Интернете я не нашел ответов.

      #@ File (label = "Input directory", style = "directory") input
#@ File (label = "Output directory", style = "directory") output
#@ String (label = "File suffix", value = ".nd2") suffix

// See also Process_Folder.py for a version of this code
// in the Python scripting language.

input = "/Users/alexandrapowell/Desktop/221223B31A3/"
output = "/Users/alexandrapowell/Desktop/221223B31A3batchh/"
processFolder(input);

// function to scan folders/subfolders/files to find files with correct suffix
function processFolder(input) {
    list = getFileList(input);
    fileList = Array.sort(list);
    for (i = 0; i < list.length; i++) {
        if(File.isDirectory(input + File.separator + list[i]))
            processFolder(input + File.separator + list[i]);
        if(endsWith(list[i], suffix))
            processFile(input, output, list[i]);
    }
}

function processFile(input, output, file) {
    open(list[i])
    run("JACoP ", "imga=0 imgb=1 thra=15000 thrb=3000 get_pearsons get_manders get_overlap");
    // Do the processing here by adding your own code.
    // Leave the print statements until things work, then remove them.
    print("Processing: " + input + File.separator + file);
    saveAs("Text", output + File.separator + "_coloc.txt")
    print("Saving to: " + output);
    run("Close");
    run("Close All");
    
}