Как использовать pysam.view() для преобразования SAM в BAM

Question

Я хотел бы преобразовать свой файл SAM в BAM с библиотеки помощьюpysam. Я пытаюсь написать эту команду из samtools:

      samtools view -S -b sample.sam > sample.bam

как код на Python, например:

      pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam")

согласно этой документации. Но, к сожалению, не работает. Как мне это сделать? Должен ли я создавать пустой файл BAM раньше или он будет создан автоматически? В итоге у меня такая ошибка:

SamtoolsError: 'samtools вернулся с ошибкой 1: stdout =b' \ x1f \ x8b \ x08 \ x04 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ xff \ x06 \ x00BC \ x02 \ x004 \ x01 \ x9dQMO \ x83@ \ x10 \ xa5G \ xfa # \ xccz \ xb3 \ x87 \ xfd \ xa2 \ xa0 \ x86 \ x83 \ xa9 \ xad \ xd86i \ t \ x16 \ xc3u \ xb3P \ xc0 &,PvcC \ xff \ xa6 \ x7f \ xc8 \ xc5 \ x88 & \ xe8 \ xc1xx \ x99 \ xc9 \ xbcyy \ x937 \ xf3 \ xfb \ xed \ xe8md \ x18 \ xb3 \ xf0 \ xc9 \ x0c} \ xd7"\ x90 \ x90) a \ xa1 \ xc5 \ xe8. \ xcdX \ xd2& \ x8cPv \ xb9 \ xf2"\ xb8 \ x8av \ xac \ xac \ xd6 \ xa5L \ x1ben \ xf4 \ xee \ xed \ xf5x \ x16, \ xcd \ xf5 \ x83 \ x1b \ x9f \ xb8 \ x19 \ xf8 \ x1f% \ xf2] \ x82n \ x10u`C \ xa9M \ xcc \ xc5 \ xa6 \ x1b \ x03 \ x91 \ n \ x00 \ x95E \ x00 \ x9c [\x00>; \ x00 \ xcb \ xa4 \ xe1 *y \ xc1 \ xbcP \ x82 \ x97e \ x8c \ xfde \ xc8 \ x1e \ x97 \ xd4 \ xc1 \ xbd \ x99 \ x97W \ r \ x1e \\\ x84 \ x89 \ xcd \ x9a \ x94 \ xef% \ x13 \ xbc \ xae \ xd3= \ xde \ xf2z \ xd1 & \ x84~5l \ xa0 @\ x19 \ x97 \ x8a \ xff \ xdfo \ xfa \ xe9 \ x97 \ x1dJ^ \ x0ci \ x16z(; \ xa2 \ xfc \ xdc \ '! \ xb9PUU \ xc8. \ x8e \ xef> \ xe8 \ xa3 \ xa1 \ x88 \ x12pU \ xb7 \ x9a \ x9at \ xd1 \ xf4+ \ xe0 \ xf5 \ x90 \ x9e \ x00 \ x0c \ x01 \ x8c \ x01 \ xac \ x00V \ xa2 \ xee \ x10g \ xb6<\xe6 \ x9a \ xfei \ x1bxH \ x8b \ xc1 \ xdd \ xefT \ xcc \ xc5X \ x7f \ xd5 \ x98h \ xfc \ xf5 \ xa7 \ xc6 \ x85V \ xbc \ x03 \ xb7nn4 \ x10 \ x02 \ x00 \ x8 \ x1f \ x10 \ x02 \ x00 \ x8 \ x1f x08 \ x04 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ xff \ x06 \ x00BC \ x02 \ x00 \ x1b \ x00 \ x03 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 \ x00 ', stderr=[main_samview] получение случайного выравнивания работает только для индексированных файлов BAM или CRAM. \ n '

Заранее спасибо!

Answer 1

Вы пробовали отключить перехват stdout?

      pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam", catch_stdout=False)

Answer 2

Вы можете использовать pysam.sortфункция преобразования SAM в BAM.

      pysam.sort("-o", "sample.bam", "sample.sam")