Длина переменной ошибки различается ggsurvplot_facet

Question

Я пытаюсь бежать ggsurvplot_facet() но не могу пройти Error in model.frame.default(formula = surv_object2 ~ id, data = list( :variable lengths differ (found for 'id'). Любая помощь будет принята с благодарностью.

Я считаю, что ошибка в survfit()/surv_fit() компонент, а не в ggsurvplot_facet() составная часть.

Данные можно найти здесь.

Мой код выглядит следующим образом:

library(survival); library(survminer)

read.csv(file = 'test.csv', header = TRUE)

surv_object <- Surv(time = test$Days_survived, event = test$Event1) 
fit <- survfit(surv_object ~ id, data = test)
ggsurvplot_facet(fit = fit, data = test, facet.by = "method", pval = TRUE)

# I have also tried, without success
fit <- survfit(Surv(join$Days_survived, join$Event1) ~ id, data = join) 
ggsurvplot_facet(fit = fit, data = test, facet.by = "method", pval = TRUE)

# and
fit <- survfit(as.formula(paste("Surv(join$Days_survived, join$Event1) ~", id)), data = join)
ggsurvplot_facet(fit = fit, data = test, facet.by = "method", pval = TRUE)

# and
fit <- survfit(as.formula(paste('Surv(join$Days_survived, join$Event1) ~', id)), data = join)
ggsurvplot_facet(fit = fit, data = test, facet.by = "method", pval = TRUE)

# and
fit <- survfit(as.formula(Surv(join$Days_survived, join$Event1) ~ id), data=join)
ggsurvplot_facet(fit = fit, data = test, facet.by = "method", pval = TRUE)

Я также пробовал все вышеперечисленные комбинации, используя surv_fit() функция.

Я нашел похожие вопросы здесь и здесь, но мне не удалось решить свою проблему.

Еще раз спасибо.

Answer 1

Это работает для меня:

lapply(c("survival", "survminer"), require, character.only=TRUE)
df <- read.csv(file = 'test.csv', header = TRUE)
fit <- survfit(Surv(time = Days_survived, event = Event1) ~ id, data=df)
ggsurvplot_facet(fit, facet.by = "method", pval = TRUE, data = df)

Результат: