Как преобразовать массив массивов 3D в изображение NIFTI?

Question

Из этого вопроса Как преобразовать файл Nifti в массив Numpy? Я создал трехмерный массив изображений nifti. Я сделал некоторые изменения в этом массиве, например, изменил глубину массива, добавив заполнение нулями. Теперь я хочу преобразовать этот массив обратно в изображение, как я могу это сделать?

Я старался:

imga = Image.fromarray(img, 'RGB')
imga.save("modified/volume-20.nii")

но это не идентифицирует nii расширение. Я также попробовал:

nib.save(img,'modified/volume-20.nii')

это тоже не работает, потому что img должно быть nibabel.nifti1.Nifti1Image если я хочу использовать nib.save особенность. В обоих приведенных выше примерах img 3D-массив

Answer 1

Assuming that you a numpy array and you want to use nib.save function, you need to first get the affine transformation.

Example:

# define the path to the data
func_filename = os.path.join(data_path, 'task-rest_bold.nii.gz')

# load the data
func = nib.load(func_filename)

# do computations that lead to a 3D numpy array called "output"
# bla bla bla
# output = np.array(....)

# to save this 3D (ndarry) numpy use this
ni_img = nib.Nifti1Image(output, func.affine)

nib.save(ni_img, 'output.nii.gz')

Now you will be able to overlay the output.nii.gz onto the task-rest_bold.nii.gz