Описание тега tmb
Questions relating to the R Template Model Builder package
0
ответов
Получение ковариационной матрицы фиксированных и производных параметров вместе с TMB
Используя пакет TMB, функция sdrep обеспечивает следующий вывод: List of 15 $ value : Named num [1:442] 11.9 12.1 12 12 12.1 ... ..- attr(*, "names")= chr [1:442] "derivedpar" "derivedpar" "derivedpar" "derivedpar" ... $ sd : num [1:442] 0.253 0.258…
11 июл '18 в 13:35
0
ответов
Распределение функций TMB в пакетах R и проверках CRAN
У меня 9 файлов cpp в /src - 8 из Rcpp и 1 из TMB. Я могу скомпилировать все и успешно выполнить код ИЛИ пройти проверки CRAN. Но не оба. Способ 1 Пусть R скомпилирует все файлы cpp и сгенерирует одну DLL: "mypackage.dll" и TMB::MakeADfun(..., DLL="…
28 сен '17 в 19:50
1
ответ
Что это за сообщение externalmgc при оптимизации с помощью TMB?
После создания целевой функции и градиента с помощью TMB и вызова optim функция, я получаю последовательность отчетов, напечатанных в моей консоли, которая имеет вид "external mgc: ": outer mgc: 56.54273 outer mgc: 56.51064 outer mgc: 56.96065 outer…
17 мар '17 в 05:46
1
ответ
Рекомендации по включению кода TMB C++ в пакет R
Недавно я обнаружил чудеса TMB, и я работаю над пакетом, который в идеале включал бы в себя шаблоны TMB C++ для довольно дорогих в вычислительном отношении моделей. Я предполагаю, что есть возможность: Автоматическая компиляция исходного кода TMB пр…
05 фев '18 в 16:28
2
ответа
Ubuntu 18.04, R 3.5.0, библиотека TMB, предупреждения об установке и фатальные ошибки во время выполнения
Свежая новая установка Ubuntu 18.04. -> хорошо R 3.5.0 установлен из этого репо: deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ с безопасным ключом apt, добавленным: sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084…
25 июн '18 в 15:15
1
ответ
Как посмотреть и скопировать конфигурацию Makevars R по умолчанию?
У меня нет ~/.R/Makevars файл и > tools::makevars_user() character(0) > tools::makevars_site() character(0) Еще, R должен читать конфигурацию откуда-то как .cpp файлы, содержащие Rcpp экспорт в упаковке src Подкаталог компилируется нормально. …
23 окт '17 в 07:16
2
ответа
Как узнать имена параметров и данных, требуемых целевой функцией, в файле TMB .cpp?
Из учебника TMB определяются целевые функции в .cpp файл, так что имена параметров и имена структур данных модели совместно используются функцией C++ и тем, что вызывается из R. Например, tutorial.cpp файл: #include <TMB.hpp> // Links in the T…
15 мар '17 в 04:15
2
ответа
Экспорт сообщений об ошибках компиляции g++ из библиотеки TMB в текстовый файл
Я пытаюсь скомпилировать модель с gcc (C++) в R (используя пакет TMB). Ошибки настолько многочисленны, что в Rstudio я даже не могу прокрутить вверх, чтобы увидеть их начало. Поэтому я хотел бы распечатать все в консоли (сообщения, ошибки и предупре…
07 мар '16 в 16:36
0
ответов
Сообщение об ошибке "Неправильный компонент диапазона" от TMB (Максимальный градиентный компонент не рассчитан)
Уважаемые пользователи TMB с горячим сердцем или пользователи, которые используют C++ в R, чтобы помочь мне. Как юный пользователь TMB, у меня есть вопросы о моих сообщениях об ошибках от TMB. Я обнаружил, что в моем коде есть ошибки. (2-я ошибка ис…
30 апр '18 в 11:20
0
ответов
Исключение с плавающей точкой и coredump с использованием Virtual TMB
Я сталкиваюсь с ошибками NA/NaN с моим кодом TMB. Поиск в интернете, я обнаружил, что в том числе fenv.h файл в мой код может дать мне подсказку об источнике ошибок. Так как этот пример не работает в Windows, я решил последовать совету для запуска э…
27 май '18 в 14:02
1
ответ
Код TMB C++ в пакете R и проверки CRAN
Я работаю над пакетом R для включения шаблонов C++, созданных в TMB. Используя полезные рекомендации, изложенные в этом предложении, мне удалось пройти очень долгий путь. На данный момент я использую 2 шаблона C++ ("kglmer.cpp" и "nglmer.cpp") и сле…
27 сен '18 в 13:15
0
ответов
Оценка функции NA/NaN и Ньютону не удалось найти минимальные сообщения об ошибках от TMB
C++, R пользователи. Я застрял в сообщении об ошибке Na/NaN в TMB, несмотря на помощь других пользователей. Я понял, что сообщение об ошибке появляется, когда функции журнала получают отрицательные значения в большинстве случаев. Я хотел бы знать, г…
28 май '18 в 13:02
0
ответов
Использование TMB для взвешенного среднего значения над постерами
Во-первых, я новичок в TMB и довольно плохо знаком с моделями SPDE. Я хотел бы объединить постеры из нескольких моделей SPDE, используя взвешенное среднее (веса, отражающие дисперсию в каждом заднем плане). Можно ли это сделать в ТМБ? Спасибо
04 ноя '18 в 15:06
2
ответа
Как мне включить более объективные функции в мой файл TMB .cpp?
Целевые функции TMB, по-видимому, определены в одном функциональном блоке, который сохраняется в <name>.cpp файл. Затем, после компиляции файла, каждая целевая функция доступна путем загрузки с помощью команды dyn.load(dynlib(<name>)), М…
15 мар '17 в 03:56
1
ответ
Что это за ошибка компиляции в руководстве по TMB?
Я скопировал код C++ со страницы учебника TMB #include <TMB.hpp> // Links in the TMB libraries template<class Type> Type objective_function<Type>::operator() () { DATA_VECTOR(x); // Data vector transmitted from R PARAMETER(mu); // …
13 мар '17 в 04:28
0
ответов
Почему вызов dyn.load в цикле for приводит к сбою моего сеанса R?
R (3.3.2, Windows 7) падает примерно после 1000 итераций dyn.load() используется в для цикла. Этого не происходит в Ubuntu. Такое поведение наблюдается для dll файлы, созданные из Rcpp а также TMB код, но я не думаю, что это связано ни с одним из эт…
28 ноя '17 в 10:10
1
ответ
C++ для TMB, но не Rcpp в knitr
Я пишу документ, используя knitr, который включает в себя код C++. Этот код должен использоваться с пакетом R TMB. Я использую документ.Rnw. Моя главная проблема заключается в том, что я не знаю, что указать для блока кода. Я прочитал несколько вопр…
08 мар '19 в 00:50
0
ответов
Ошибка компиляции кода C++ в R с использованием пакета TMB
Я пытаюсь применить модель иерархической компенсации, написанную на C++, которая была разработана коллегой несколько лет назад. Я пытаюсь использовать пакет TMB для компиляции кода, а затем применить модель к некоторым данным об образовании, которые…
27 июн '19 в 04:20
1
ответ
Как установить соединение в роутах
Я хочу создать маршрут между двумя серверами tibco EMS. Но я не получаю идентификатор соединения. Это говорит о статусе = не подключен. Я сделал следующие изменения: Step-1 : Enable the routing feature in tibemds.conf routing = enabled Step-2 : Conn…
26 июл '19 в 14:27
0
ответов
drop1 с объектом GLMMtmb возвращает ошибку: "область действия не является подмножеством меток терминов"
Я пытался найти способ получить результаты теста отношения правдоподобия, когда использую glmmTMB для построения обобщенных линейных смешанных моделей. Я знаю что могу использоватьdrop1 чтобы получить тест отношения правдоподобия, но если есть взаим…
29 окт '19 в 19:40