Описание тега heatmaply
NoneHeatmaply - это активно поддерживаемый пакет тепловых карт с открытым исходным кодом для R, основанный на библиотеках plotly R и JavaScript.
1
ответ
Цвет Heatmaply, когда все элементы имеют одинаковое значение
Я использую heatmaply для генерации "тепловых карт" двоичных матриц, где каждое значение в матрице равно 1 или 0. Я установил 1 в красный и 0 в серый, и он отлично работает. Код выглядит так: library(tidyverse) library(heatmaply) dummy_data <- re…
21 июн '18 в 19:26
0
ответов
Преобразование тепловой карты ggplot2 с категориальными переменными в интерактивную тепловую карту тепловой карты
У меня есть этот фрейм данных: gene_symbol<-c("DADA","SDAASD","SADDSD","SDADD","ASDAD","XCVXCVX","EQWESDA","DASDADS","SDASDASD","DADADASD","sdaadfd","DFSD","SADADDAD","SADDADADA","DADSADSASDWQ","SDADASDAD","ASD","DSADD") panel<-c("growth","gro…
24 июл '18 в 15:37
2
ответа
Построение кластерной тепловой карты с дендрограммами с использованием графика R
Я следую этому примеру о том, как создать кластерную тепловую карту с дендрограммами с R"s plotly, Вот пример: library(ggplot2) library(ggdendro) library(plotly) #dendogram data x <- as.matrix(scale(mtcars)) dd.col <- as.dendrogram(hclust(dist…
05 май '17 в 00:56
1
ответ
Heatmaply удалить галочки
У меня есть следующий код: colorStand <- colorRampPalette(colors = c("blue", "white", "red")) heatmaply(data, margins = c(60,100,40,20), colors=colorStand, limits = c(-2.5,2.5),showticklabels = c(T,F)) Это не показывает метки строк (что хорошо), …
28 сен '17 в 02:36
0
ответов
Создайте список элементов строки для каждого кластера, используя heatmaply в R
Я пытаюсь получить 5 списков всех элементов строки после использования heatmaply в R. Я установил k_row = 5, чтобы на дендрограмме было 5 разных цветов. Я просто хочу вернуть список из 5 списков, где каждый список содержит элементы строк в кластере.…
07 янв '19 в 15:53
0
ответов
Создание Heatmap / Heatmaply в R для годовых данных
Последующий вопрос о тепловой карте Создание тепловой карты / столбцы заказа для годовых данных в R Heatmaply Heatmaply2 Имена строк меняются, но мои данные при этом не меняются. Могу ли я обратиться за помощью о том, как перемещать каждую соответст…
29 июн '17 в 14:39
0
ответов
heatmaply не может переупорядочить без отображения дендрограммы
Я хочу изменить порядок строк, но не показывать дендрограмму с помощью mapmap, этот код выполняется, но не делает этого: colorStand <- colorRampPalette(colors = c("blue", "white", "red")) heatmaply(data, margins = c(60,100,40,20),colors=colorStan…
01 окт '17 в 21:01
1
ответ
Интерактивная тепловая карта в R
Мой фрейм данных выглядит так: rankA rankB V1 V2 1 0-1 w 1-2 t 8.636042 10.43002 2 0-1 w 3-5 t 6.495266 10.52126 3 0-1 w 6-10 t 5.480639 10.56230 4 0-1 w +10 t 4.897840 10.64759 5 2-3 w 1-2 t 7.677400 10.45409 6 2-3 w 3-5 t 5.420535 10.47965 7 2-3 w…
13 сен '17 в 15:36
1
ответ
Цвета боковой панели Heatmpaly, как правильно отобразить указанные цвета?
У меня есть проблема, может быть ошибка в Heatmaply или плотно. Цвета на боковой панели тепловой карты не отображают цвета, которые я указал. См. Пример кода ниже. В конце кода в части # 6) первый график, построенный с использованием функции plot (п…
04 сен '18 в 08:42
0
ответов
Как изменить цвет графика Heatmap в Heatmaply, используя выпадающее меню в R?
Я хотел бы изменить цвет графика тепловых карт в heatmaply, используя выпадающее меню в R. Я написал код ниже, но он не работает должным образом. Спасибо за вашу помощь заранее. df<- structure(c(5.91907, 3.05747, 5.73896, 5.30454, 4.74619, 6.6065…
26 мар '18 в 21:47
2
ответа
Горячий, чтобы сохранить HTML-файл только из R и htmlwidgets?
Я использую R нарисовать карту тепла. Heatmaply а также htmlwidget были установлены. Пример Fox, я исполняю следующий код: library("htmlwidgets") library("heatmaply") heatmaply(mtcars) %>% saveWidget(file="test.html") Это всегда генерирует файл t…
12 сен '17 в 01:54
0
ответов
R цвета Heatmaply и d3heatmap перестают работать
Я пытаюсь запустить две функции в R для создания тепловых карт, одну с помощью d3heatmap (где перестали отображаться цвета строк), а другую - с помощью heatmaply, где я не могу получить ключ аннотации строк. Вот две функции d3heatmap(as.matrix(datal…
05 мар '18 в 15:04
1
ответ
Удалить метки строк из aheatmap и heatmaply (heatmapr)
Я хотел бы удалить метки строк из тепловой карты со многими строками. Мне нужно сделать это как в Heatmaply, так и в aheatmap. Однако все возможные варианты, о которых я мог подумать, приводят либо к ошибке, либо перемаркируют строки от 1:nrow и пок…
27 авг '16 в 00:52
1
ответ
Как получить дополнительную колонку в карте тепла
Я использую тепловую карту для получения кластерных тепловых карт ответов от нескольких оценщиков по ряду вопросов, оцененных с использованием одной и той же шкалы Лейкерта (статус производительности ECOG). Тепловая карта получается хорошо (хотя исп…
16 мар '18 в 16:15
0
ответов
Группировка всплывающих подсказок и изображений в R + Plotly
Я создал тепловую карту в R с помощью plotly (и тоже попробовал с Heatmaply). Plotly допускает довольно стандартную интерактивность, такую как drag-select для увеличения. Я хотел бы иметь возможность "сгруппировать" части тепловой карты, например,…
28 сен '17 в 19:09
1
ответ
Как правильно назначить низкие, средние и высокие цветовые ограничения с помощью пакета heatmply R для интерактивной тепловой карты
Основываясь на текущем проекте визуализации для экспериментов NGS и результатов анализа функционального обогащения, я пытаюсь создать интерактивную диаграмму тепловых карт конкретных биологических процессов-имен в строках и конкретных аннотированных…
18 фев '19 в 14:08
2
ответа
Как рассчитать копенетическое сходство между двумя индивидуумами в двух дендограммах или между двумя методами кластеризации?
Как я могу рассчитать копенетическое расстояние для человека в пределах двух деревьев (не между двумя целыми деревьями)? Я хочу вычислить сходство / различие в положении на человека в двух дендрограммах и показать результат в цвете строки объединенн…
31 авг '18 в 19:34
1
ответ
Проблемы с Cellnote в Heatmaply
Я использую heatmaply(), чтобы создать интерактивную тепловую карту для Shiny. Я сталкиваюсь с несколькими проблемами при использовании cellnote = "some values": по умолчанию ячейка начинается в центре соответствующей плитки тепловой карты. Как это …
22 май '17 в 11:35
1
ответ
Тепловая карта корреляции с использованием Heatmaply R
Я пытаюсь создать тепловую карту на основе корреляции Спирмена и дендрограммы, соответствующей значениям корреляции Спирмена. Мой входной файл составлен следующим образом: > data[1:6,1:6] group EG PN C0 C10 C10.1 1 Patients 24 729 352.66598 43.80…
26 окт '17 в 13:16
0
ответов
Устранение неполадок Heatmaply: как удалить цифры с дендограммы
Я интегрирую пакет heatmaply в блестящее приложение, которое дает пользователям возможность кластеризовать по строкам, столбцам, обоим или ни одному. Однако при выборе строки или столбца дендограмма отображается с номерами, как показано на рисунке в…
08 мар '18 в 20:59