Описание тега ggpubr

Вопросы с тегом
An R package to prepare publication ready plots based on the ggplot2 plotting system.
1 ответ

Делая размер нескольких участков одинаковыми

Вот MWE: library(ggpubr) # Box plot (bp) bxp <- ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", color = "dose", palette = "jco") bxp # Dot plot (dp) dp <- ggdotplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", color = "dose", palette = "jco", binwidth = …
30 ноя '18 в 11:49
0 ответов

Легенда отображает дополнительную форму

Я использую следующий фрейм данных: df1 <- structure(list(Genotype = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,2L,2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L,1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label=…
27 сен '17 в 20:24
1 ответ

stat_compare_means() дает другое значение p.value, чем compare_means () или t.test()

Я хотел бы построить данные с помощью ggplot2 и добавить значения p с помощью ggpubr. Но построенные p-значения не соответствуют p-значениям, с которыми я рассчитываю compare_means() или же t.test(), Это мои данные: Group <- rep(c('A'), each=12) …
22 фев '18 в 19:13
1 ответ

ggpubr: изменить размер шрифта stat_compare_means p-значения Крускала-Уоллиса

Как я могу изменить размер шрифта stat_compare_means на участке ниже? Т.е. изменить "Крускал-Уоллис, p = 1.5e-09" и другие размеры шрифта p-значения? Я хотел бы использовать меньший размер шрифта, чем по умолчанию... Следуя примеру данных... library…
31 янв '18 в 20:01
0 ответов

Управление позиционированием уровней значимости на боксплоте с выбросами: ggplot и ggpubr

Я хотел бы отобразить уровни значимости на боксплоте (используя ggplot2 и ggpubr). Сложность состоит в том, что когда в наборе данных есть выбросы, различия указываются от самого верхнего выброса. Как я могу контролировать положение stat_compare_mea…
30 сен '17 в 14:21
1 ответ

Добавление графиков в список ggplot2

Я пытаюсь добавить графики ggplot2 в список, чтобы я мог использовать функцию ggarrange из ggpubr, чтобы организовать их на нескольких страницах. Поскольку существует несколько сотен графиков, я использую функцию для генерации и сохранения графиков,…
03 дек '18 в 17:31
2 ответа

Организация множества графиков на одном графике в R

Я хотел бы иметь разные графики только на одном графике, однако команда, которую я использовал для этого (grid.arrange) искажает бары моего графика. В дополнение к этому я хотел бы разместить заголовок каждого графика (A, B, C ..) в верхней части гр…
14 дек '18 в 14:57
1 ответ

Отображение p-значений с помощью ggpubr в сгруппированном графике приводит к ошибке

Я готовлю grouped dotplot с ggplot2, который работает нормально. Но если я использую stat_compare_means от ggpubr пакет для добавления значения p, он не будет работать. Когда я использую compare_means за пределами графического окружения все работает…
14 дек '18 в 15:01
1 ответ

Лесной граф с использованием уже сформированного информационного кадра

ПРОБЛЕМА У меня есть несколько наборов данных с данными, которые уже были обработаны и экспортированы со следующей структурой: set.seed(123) library(dplyr) tb <- tibble(group = rep(c("A", "B"), each = 5), wkday = rep(c("Mon", "Tue", "Wed", "Thu",…
24 фев '19 в 04:51
2 ответа

Добавьте галочки между дискретными группами по оси X

Я хочу заменить один из моих сгруппированных коробочных графиков (ниже) на вид "до", но сгруппировать его. Этот был сделан с использованием ggboxplot() от ggpubr, Я знаю, что есть также ggpaired() но мне не удалось сделать это сгруппированным, как э…
20 апр '18 в 22:35
1 ответ

Выровнять объекты ggplot внутри ggarange

Я хотел бы выровнять ggtexttable {ggpubr} и графику {ggplot} по ggarrange {ggpubr} в левой части графика. https://stackru.com/images/0742fbfa70c65fb368551e d147af90d7b2f28de6.png Есть ли способ сделать это? Я пробовал аргумент выравнивания, но объек…
19 фев '19 в 09:33
1 ответ

Добавить значение р из парного сравнения в каждой категории

library(tidyverse) library(ggpubr) df <- tibble( iq = rnorm(150, 100, 15), condition = rep(c("A", "B"), each = 75), time = rep(c("t1", "t2", "t3","t1", "t2","t3"), each = 25) ) ggbarplot(df, x = "condition", y = "iq", fill = "time", palette = "gr…
22 фев '19 в 05:23
1 ответ

R, ggpubr: отключить показатели на оси логарифмической шкалы и использовать вместо этого целые числа

Я пытаюсь построить свои данные, используя логарифмические шкалы по оси Y и X. Но я хотел бы отключить запись показателя в логарифмическом масштабе на моем графике. Вместо 10^0,10^1,10^2 я хотел бы иметь 1, 10, 100... Пожалуйста, как я могу сделать …
13 фев '19 в 11:51
1 ответ

Как сохранить размеры графиков при укладке с обычными осями X в ggarrange?

Я пытаюсь составлять графики с общими осями X и Y в ggplot. То, что я хочу сделать, это иметь только нижний график, показывающий метки оси X и заголовки. Но я никогда не мог понять, как сделать это чисто в ggplot2 без того, чтобы нижний график был с…
10 фев '18 в 23:11
1 ответ

R ggplot2 boxplots - ggpubr stat_compare_means не работает должным образом

Я пытаюсь добавить уровни значимости к своим блокпостам в виде звездочек, используя ggplot2 и пакет ggpubr, но у меня много сравнений, и я хочу показать только значимые. Я пытаюсь использовать опцию hide.ns=TRUE в stat_compare_means, но она явно не …
03 авг '17 в 06:55
0 ответов

Ошибка возникает, когда я использую stat_compare_means

Я попытался с помощью R добавить значения "p" на блок-график, но возникает ошибка, когда я использую stat_compare_means. Я быстро посмотрел на Google, но я до сих пор не понимаю... Вот поле, которое я пытаюсь отобразить: boxplot <- ggplot(data, a…
23 окт '18 в 20:00
1 ответ

Как добавить бары сравнения на график, чтобы обозначить, какое значение a p сравнения соответствует

Я использую следующий фрейм данных: df1 <- structure(list(Genotype = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,2L,2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L,1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label=…
27 сен '17 в 22:09
1 ответ

Как показать усы и очки на скрипках?

У меня есть датафрейм df со следующими данными. Я хочу построить logCPM экспрессия гена между двумя группами A и B. Samples Type GeneA Sample1 B 14.82995162 Sample2 B 12.90512275 Sample3 B 9.196524783 Sample4 A 19.42866012 Sample5 A 19.70386922 Samp…
03 окт '18 в 15:13
1 ответ

Добавление значений р для сравнения групп означает в разное время в gganimate gif с боксплоты / скрипки

Мой текущий код для печати скрипок с использованием gganimate выглядит следующим образом library(ggplot2); library(gganimate); library(ggpubr) ggplot(dat2, aes(x=diet, y=bicep, fill=diet)) + geom_violin() + scale_fill_manual(values=c("#00AFBB", "#FC…
18 ноя '18 в 22:07
1 ответ

Отобразить корреляции Спирмена между парами коробочных сюжетов в ggplot2/ggpubr

У меня есть график с тремя коробочными диаграммами, и мне нужно отобразить корреляции Спирмена между парами коробочных диаграмм, используя ggplot2 или ggpubr. Подобный график легко составить, но с попарно p-значениями. Например, library(ggpubr) data…
12 авг '18 в 16:11