Описание тега drake-r-package

Описание тега Вопросы с тегом
Пакет drake R представляет собой подобный Make набор инструментов конвейера. Его цель - повысить воспроизводимость, автоматизацию, скорость и масштабирование рабочих процессов, ориентированных на анализ данных. Используйте этот тег для ответов на общие вопросы об использовании или для помощи в оптимизации и отладке проектов на основе Drake. Сообщения об ошибках и запросы функций отправляйте в трекер проблем GitHub.
1 ответ

Есть ли способ "разбить" выходные данные селезня, чтобы ускорить проверку и отображение плана?

Я провожу моделирование для целого ряда моделей и значений параметров. На данный момент мой drake рабочий процесс включает в себя более 3 тыс. смоделированных data.frames и соответствующий stanfit объекты. Пытаясь бежать make В настоящее время задер…
14 дек '18 в 13:58
0 ответов

Блокировка среды, но не.Random.seed

Можно ли заблокировать глобальную среду и разрешить .Random.seed быть установленным или удаленным? Поведение по умолчанию lockEnvironment() слишком агрессивен для моего случая использования. lockEnvironment(globalenv()) rnorm(10) #> Error in rnor…
21 фев '19 в 16:17
1 ответ

Как перебрать значения предыдущей цели в Drake

В Drake, я хочу взять значения одной цели и использовать их в map создать больше целей. В приведенном ниже примере, есть ли способ сделать y2 на самом деле три цели, как это делается для y3? Я знаю, что иметь действительные значения, отличные от цел…
02 мар '19 в 17:29
1 ответ

План остановки дракона заставляет его восстанавливать цели, которые он уже построил ранее

Я сейчас пользуюсь drake запустить набор из>1k моделирования. Я подсчитал, что на запуск комплекта уйдет около двух дней, но я также ожидаю, что мой компьютер в любой момент в тот период выйдет из строя, потому что, ну, в общем-то, так и есть. Очеви…
12 ноя '18 в 18:59
2 ответа

Создать план рабочего процесса для всех комбинаций входов в Drake?

Я пытаюсь создать план рабочего процесса, который будет запускать некоторые функции my_function(x, y) для всей комбинации входов в my_dataset но я застрял в том, как генерировать команды для рабочего процесса Дрейка без использования вставки. Рассма…
16 авг '18 в 22:29
1 ответ

Функция чтения Drake не работает для графиков

Я пытаюсь с трудом стрелять почему Drake участки не отображаются с readd() - Остальная часть трубопровода, похоже, сработала. Не уверен, что это вызвано minfi::densityPlot или какая-то другая причина; мои мысли поздние, так как это не работает для b…
06 фев '19 в 21:34
1 ответ

Дайте символьную строку для определения зависимости файла в Drake

Я учу Дрейка, чтобы определить мой рабочий процесс анализа, но у меня проблемы с получением файлов данных в качестве зависимостей. Я использую функцию file_in() внутри drake_plan() но это работает только если я даю путь к файлу напрямую. Если я дам …
29 мар '18 в 12:28
1 ответ

Вычеркнуть имя файла с переменной

Я использую drake создать несколько выходных файлов, где я хочу указать путь с помощью переменной. Что-то вроде outpath <- "data" outfile <- file.path(outpath, "mydata.csv") write.csv(df, outfile) Но file_out похоже, не работает с аргументами,…
06 июн '18 в 16:38
1 ответ

Триггерное уведомление от генерации отчета в пакете R drake

Я установил конвейер селезня, который генерирует отчет в конце конвейера. Я хотел бы вызывать слабое уведомление каждый раз, когда создается новый отчет. Для отчетной части моего плана я использую следующее: report_plan <- drake::drake_plan( repo…
31 авг '18 в 19:18
1 ответ

Подкомпонент (mode = "in") для нескольких исходных вершин

Вопрос в igraph R пакет, есть ли эффективная реализация subcomponent() и / или BFS, которая может обрабатывать несколько исходных вершин? мотивация drake Пакет R моделирует рабочий процесс пользователя как DAG взаимозависимых объектов и файлов. Груп…
07 янв '19 в 03:16
2 ответа

Можете ли вы иметь несколько планов, используя пакет R Drake?

Я знаю, что не рекомендуется использовать пакет R под названием drake в инструменте ноутбука, но я все равно делаю это в качестве обходного пути для ограничений инфраструктуры совместной работы, которые есть в моей команде на работе. Поскольку мой к…
26 июн '18 в 22:22
1 ответ

Как обратиться к предыдущим целям в Drake?

Я хотел бы использовать подстановочный знак для генерации множества целей, а затем иметь другой набор целей, который ссылается на эти первоначальные цели. Я думаю, что этот пример представляет мою идею: plan <- drake_plan( sub_task = runif(1000, …
18 дек '18 в 22:28
1 ответ

Вручную добавить зависимость в рабочий процесс Drake?

Допустим, у меня есть план Drake, где я создаю таблицу SQL во внешней базе данных, и после этого задания я загружаю из какой-то таблицы, которая зависит от первоначального задания. Мой план может выглядеть так drake_plan(up_job = create_sql_file('so…
17 янв '19 в 22:07
1 ответ

Печать одной строки текста на нескольких строках текста

Иногда желательно напечатать строку в tibble по нескольким строкам. Пример: https://github.com/ropensci/drake/issues/489. drake Планы с длинными командами трудно читать. library(drake) pkgconfig::set_config("drake::strings_in_dots" = "literals") dra…
02 авг '18 в 13:10
1 ответ

Удалить загруженные объекты кеша Drake из RAM

Я разработал план по созданию большого набора объектов в кеше Дрейка. Теперь, вне плана, я побежал lapply по подмножеству этих объектов, чтобы я мог суммировать некоторые из их свойств и планировать свои следующие шаги. я использую readd чтобы загру…
30 май '19 в 21:01
2 ответа

Как я могу получить размер, который цель-селезень принимает на диск?

Когда нужно понять мой план Дрейка, vis_drake_graph() пригодится, и он отображает время, которое потребовалось каждой цели для запуска. Это очень помогает выяснить, следует ли разбивать цели, чтобы сократить время повторного запуска при небольших из…
07 май '19 в 11:50
1 ответ

Работа с несколькими файлами в нескольких планах в Drake

Я пытаюсь использовать drake Пакет R для обработки нескольких файловых входов в нескольких планах, так что я могу создавать свои цели итеративно, проверяя, что работает на каждом этапе. Ниже приведен тривиальный пример, показывающий, чего я пытаюсь …
23 май '19 в 14:57
1 ответ

drake - отображает цели ggplot для их вывода

Прежде всего, drake просто волшебно Мне нравится рабочий процесс разработки графа зависимостей, а затем его выполнения одним махом. Однако я наткнулся на контрольно-пропускной пункт. Мой рабочий процесс симулирует большие сетки параметров, а затем с…
26 мар '19 в 22:53
1 ответ

Drake R - Возможно ли создать цель с помощью триггера?

Я сейчас оцениваю drake для проекта, и мне интересно, есть ли способ программно создать цель или часть плана, который включает в себя триггер. Мой идеальный пример использования / пример кода приведен ниже, но у меня возникают проблемы при попытке з…
03 май '19 в 04:29
1 ответ

Как генерировать аргументы для целевого преобразования динамически в R Drake?

Я хочу создать большой план, аргументы которого зависят от ранее вычисленных целей. Это возможно вообще? В частности, мне нужно что-то вроде: drake_plan( data = get_data(), lots_of_sds = get_sds_from_a_complex_pipeline() analysis = target( fun(data,…
16 май '19 в 05:40