Не могу установить pysam с pip в Python 3.6

Macbook Mac OSX 10.12.6 Python 3.6.2 cython 0.28.5 pip 18.0

Я пытаюсь установить pysam:

pip3 install pysam

Он продолжает выдавать ошибку в:

creating build/temp.macosx-10.6-intel-3.6/htslib/cram
htslib/cram/cram_io.c:63:10: fatal error: 'os/lzma_stub.h' file not found
#include "os/lzma_stub.h"
         ^~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

Похоже, эта проблема, это, и это были проблемы с версией. Но я пытался pip3 install pysam==0.13 а также 0.14 а также 0.15 с такими же результатами.

Предложения?

Я действительно не хочу иметь дело с установкой Conda...

Источник

2 ответа

Понятно, что вам не хватает lzma, которая сейчас является частью xz библиотека ( https://tukaani.org/xz/). Установите это и посмотрите, работает ли он. В OSX вы можете установить его, используя homebrew: brew install xz,

Другим вариантом является установка htslib ( http://www.htslib.org/download/) или samtools (можно найти в htslib URL).

Источник

Виноват! pip3 install pysam==0.13 на самом деле работает. Просто оставив это здесь для потомков.

Источник
Другие вопросы по тегам