checkCompilerOptions Ошибка при установке пакета (littler/Docker)

Question

В последней строке этот файл Docker вызывает littler::install.r установить RcppRcppEigen а также matrixStats,

Весь код работал как шарм пару месяцев назад. Теперь, это бомбы на последнем шаге. Точнее, Rcpp а также RcppEigen по-прежнему устанавливается отлично, но когда дело доходит до установки matrixStats, Я получил:

installing to /usr/local/lib/R/site-library/matrixStats/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/matrixStats’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages(f, lib, if (isMatchingFile(f)) NULL else repos) :
  installation of package ‘matrixStats’ had non-zero exit status

Это ошибка, которой у меня никогда раньше не было, и мне трудно определить, откуда она вообще взялась. Что может быть причиной этой проблемы? Любая информация уже очень поможет.

Answer 1

Сверху головы я бы обвинял изменение в matrixStats [но смотрите ниже, и это кажется безупречным] - Я немного знаком со всеми другими движущимися частями и не знаю об изменениях или ошибках.

Одна вещь, которая является подозрительной, является разрывом задней линии:

RUN install.r Rcpp RcppEigen  matrixStats \

Вы можете попробовать без этого.

Изменить: И для чего это стоит, я просто запустил наш стандартный базовый слой образ р-базы через

docker run --rm -ti r-base /bin/bash

и вызвал

install.r Rcpp RcppEigen matrixStats

который исполняется просто отлично.

Так что, если sonething не так с этим другим контейнером Docker, вам, возможно, придется обсудить его с его автором и проработать его изменения относительно нашего Dockerfile, который он, похоже, использовал в качестве базы.

Answer 2

Тем не менее, с помощью R-devel с помощью rocker/r-devel,

docker run --rm -ti rocker/r-devel /bin/bash

RD

install.packages("matrixStats")

Выдает такую ​​же ошибку. Я предполагаю, что это еще одно изменение R-devel, которое убирает то, что мы считали само собой разумеющимся, в данном случае это связано с compiler пакет. У меня пока нет решения, пока. Просто (пере) установка или подключение compiler не помогает

Обновить

С помощью R CMD INSTALL --no-byte-compile позволяет backports установить для меня, который был пакет, с которым у меня были проблемы.