Значения корректируют многократное сравнение

Question

Я использовал lme4, чтобы запустить регрессию со смешанными эффектами (вызывая glmer) в R, и теперь я пытаюсь сделать сравнение вне случая. Так как они попарно, с Тьюки все должно быть в порядке, но я бы хотел вручную откорректировать, на сколько тестов следует внести исправление - теперь это сделано для 12 тестов, но меня интересуют только 6 сравнений.

Мой код выглядит так до сих пор

    for (i in seq_along(logmixed_ranks)) {
    print(lsmeans(logmixed_ranks[[i]], pairwise~rating_ranks*indicator_var, adjust="tukey"))
    }

Почему-то мне может понадобиться следующее, но я не уверен, как это сделать.

      p.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p))

Кто-нибудь может помочь? Спасибо! Лаура

Answer 1

Должна быть причина, по которой вы хотите настроить только 6 сравнений, и я предполагаю, что это потому, что вы хотите разбить сравнения, которые вы делаете условно, по одному из факторов. Это легко сделать с помощью lsmeans:

lsmeans(logmixed_ranks[[i]], 
    pairwise ~ rating_ranks | indicator_var, adjust = "tukey")

или же

lsmeans(logmixed_ranks[[i]], 
    pairwise ~ indicator_var | rating_ranks, adjust = "tukey")

Кстати, если вы используете adjust = "mvt", вы получите точно такие же корректировки, что и glht использует для его одношаговой процедуры. Так что я считаю единственным glht функции не поддерживаются lsmeans многоэтапные тесты

Я озадачен, почему у вас есть список glmer объекты, но это не похоже на мой ответ.