Как запустить GWAS из командной строки с Plink2?

Question

Я пытаюсь запустить GWAS в командной строке с помощью plink версии 2, однако, когда я запускаю следующую команду plink2 --file hapmap1 Я получаю следующую ошибку Error: Unrecognized flag ('--file')

Я пытаюсь следовать этому руководству https://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtml#t6

Мне нужно заменить имя файла в команде? (Я пробовал это, но все равно получаю ту же ошибку)

Я не уверен, что делать, так как это первый раз, когда я использую plink. Я где-то читал, что эта команда несовместима с plink2, но это было в 2017 году, поэтому я не уверен, насколько это актуально сейчас.

Answer 1

Глядя на документацию, которую вы связали, вам нужен флаг --bflag: обратите внимание на букву «б».

Answer 2

Здесь нет--fileфлаг поддерживается в plink2.

В зависимости от версии формата ваших генетических данных вам потребуется указать одно из следующего:

• если у вас есть файлы формата plink1.9 (hapmap1.{bed,bim,fam}), то вы должны использоватьplink2 --bfile hapmap;
• если у вас есть файлы формата plink2 (hapmap1.{pgen,psam,pvar}), то вы должны использоватьplink2 --pfile hapmap; или
• если вашpvarфайл сжат со стандартом Z (hapmap1.{pgan,psam,pvar.zst}), то вы должны использоватьplink2 --pfile hapmap vzs.

Официальная документация для plink2 находится здесь: https://www.cog-genomics.org/plink/2.0/input.