Чтение *.mhd/*. Raw формата в python

Может кто-нибудь сказать, пожалуйста, как я могу прочитать набор данных, содержащий файлы.mhd /.raw в Python?

Источник

3 ответа

Решение

Самый простой способ - использовать SimpleITK (MedPy также использует ITK для файлов.mhd/.raw). команда

pip install SimpleITK

работает для многих версий Python. Для чтения.mhd/.raw вы можете использовать этот код из kaggle

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
'''
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image.
'''

def load_itk(filename):
    # Reads the image using SimpleITK
    itkimage = sitk.ReadImage(filename)

    # Convert the image to a  numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x
    ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage)

    # Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa.
    origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin())))

    # Read the spacing along each dimension
    spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing())))

    return ct_scan, origin, spacing
Источник

Использование Skimage может быть еще проще после установки SimpleITK

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

Это даст вам массив с сортировкой z,y,x.

Источник

Добавив указанные выше сообщения, вы можете начать с файла CT-Scan .mhd, загруженного отсюда, и отображать / сохранять 29 изображений с помощью следующего кода (при условии, что у вас есть как заголовок, так и необработанные файлы, загруженные в текущий каталог):

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pylab as plt
ct_scans = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage("training_001_ct.mhd", sitk.sitkFloat32))
plt.figure(figsize=(20,16))
plt.gray()
plt.subplots_adjust(0,0,1,1,0.01,0.01)
for i in range(ct_scans.shape[0]):
    plt.subplot(5,6,i+1), plt.imshow(ct_scans[i]), plt.axis('off')
    # use plt.savefig(...) here if you want to save the images as .jpg, e.g.,
plt.show()

Вот тот же файл.mhd CT-сканирования, который читается с помощью SimpleITK и анимированные:

Источник

Вы можете попробовать использовать MedPy или этот скрипт mhd_utils

Источник
Другие вопросы по тегам