GWAS sommer r2 результаты

Question

---

Я пытаюсь получить значения r2 для каждого маркера в GWAS, используя функцию GWAS в пакете r "sommer". Из документации я вижу, что они должны быть в объекте mix1$scores:scores Фрейм данных с таким количеством столбцов, сколько проанализировано маркеров, и 5 строками, содержащими следующее:beta: marker effects.score: маркерные оценки (-log_10p) для черт. F-статистика, связанная с тестом R2: значение R2 для каждого маркера R2s: значение R2 для каждого масштабированного маркера

Однако в моей модели перечислены только оценки маркеров.

Пример:

       library(sommer)
    data(DT_cpdata)
    DT <- DT_cpdata
    MP <- MP_cpdata
     #### create the variance-covariance matrix 
    A <- A.mat(GT) # additive relationship matrix# 
    #### look at the data and fit the model
    head(DT)
    mix1 <- GWAS(color~1,
                 random=~vs(id,Gu=A)
                + Rowf + Colf,
                 rcov=~units,
                data=DT,
                 M=GT, gTerm = "u:id") 
    mix1$scores

Answer 1

функция GWAS была переработана для использования кода C++ начиная с версии 4.1.2, а некоторые дополнительные метрики, такие как r2, были удалены из выходных данных. Эти дополнительные показатели будут возвращены в 4.1.3. А пока вы всегда можете вернуться к версии 4.1.1 или более ранней, чтобы получить эту метрику.

Ура, Эдуардо