Построение 50% квантиля и вероятного интервала из вывода пакета 'mcp' в R

Question

Я пытаюсь построить как 95% вероятные интервалы, так и линию для 50% медианы на одном графике, используя выходные данные из пакета "mcp" в R. Я использовал пакет mcp для моделирования различных остаточных масштабов (т.е.) для трех сегментов с известными точками останова (2013 и 2017). Тем не менее, я не могу сопоставить CI и линию для медианы 50% на одном и том же графике, используя q_fit из модели. Ниже я привел пример кода. Моя конечная цель - получить одну сегментированную линию, представляющую 50% квантиль модели с верхним и нижним доверительным интервалом. Я включил несколько примеров данных и кода ниже, а также отдельные графики, которые я хотел бы объединить.

year <-c(2003,2004,2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019,2020)
counts <-c(40,50,200,50,20,30,15,12,10,12,12,200,1000,4000,6000,4500,5000,6000)

df <- data.frame(year,counts)


model = list(
  counts ~ 1 + year,        #segmented 1: Intercept and Slope
  ~ 0 + year + sigma (1),   #Segement 2: Joined slope (no intercept change)
  ~ 0 + year + sigma (1)    #Segment 3: Joined slope (no intercept change)
)

fit = mcp(model, df, prior = list(cp_1 = 2013, cp_2 = 2017))

plot(fit, q_fit = TRUE, cp_dens = FALSE, lines=50) #plot 95% CI


plot(fit, q_fit = c(0.5), cp_dens = FALSE, lines=50) #plot 50% quantile

Первый график с 95% доверительным интервалом

50% квантильная линия

Answer 1

Вы можете построить произвольное количество квантилей, если вы предоставите их в виде вектора для q_fit:

      plot(fit, q_fit = c(0.025, 0.5, 0.975), cp_dens = FALSE, lines=50)