Нейровизуализация: AFNI bash

Question

Это ошибка, которую я получаю. Я новичок в этом, и я хочу запустить следующий скрипт в оболочке, но я получаю ошибки, файл COLUMN.nii - это отличный файл с набором масок со значением от 1 до 10 и Я хочу разделить эти маски в отдельный отличный файл, используя эту команду AFNI в цикле for.

Любые предложения приветствуются, спасибо К.

for i in {1..10};
    do
    3dcalc -a COLUMNS.nii -expr ‘equals(a, "${i}”)’ -prefix col_"${i}”.nii;
    done

Answer 1

Похоже, что вы могли редактировать свой код с помощью программы обработки текста, такой как Microsoft Word, которая не помещает в файл "нормальные" символы одинарных и двойных кавычек.

В вашей программе строка

3dcalc -a COLUMNS.nii -expr ‘equals(a, "${i}”)’ -prefix col_"${i}”.nii;

имеет эти "фигурные" одинарные и двойные кавычки. Измените это на

3dcalc -a COLUMNS.nii -expr 'equals(a, "${i}")' -prefix col_"${i}".nii;

При редактировании кода я рекомендую вам использовать редактор для программирования - а их много - а не программу обработки текста.