Nextflow+Singularity: такого файла или каталога нет, даже если файл существует
Я пытаюсь запустить этот конвейер, который реализован с помощью Nextflow и использует контейнер Docker. К сожалению, я не могу использовать Docker, поскольку он не совместим с HPC (без sudo), поэтому я использую Singularity вместо Docker. Однако кажется, что пути установлены неправильно, так как я получаю эту ошибку:
Error executing process > 'truncate_input_headers'
Caused by:
Process `truncate_input_headers` terminated with an error exit status (1)
Command executed:
truncate_header.lua < phased.1_scaffolds_FINAL.fasta > truncated.fasta
Command exit status:
1
Command output:
(empty)
Command error:
.command.sh: line 2: phased.1_scaffolds_FINAL.fasta: No such file or directory
Work dir:
/work/project/ladsie_002/work/77/1854982bdacdd60fbe447554ab153b
Tip: you can replicate the issue by changing to the process work dir and entering the command `bash .command.run`
Однако, когда я смотрю на путь, файл действительно существует:
$ ll /work/project/ladsie_002/work/77/1854982bdacdd60fbe447554ab153b
total 1
lrwxrwxrwx 1 bbrink users 76 30. Aug 13:44 phased.1_scaffolds_FINAL.fasta -> /work/project/ladsie_002/companion/input/pleo/phased.1_scaffolds_FINAL.fasta
Это мой конфиг:
env {
GT_RETAINIDS = "yes"
AUGUSTUS_CONFIG_PATH = "/opt/data/augustus"
FILTER_SHORT_PARTIALS_RULE = "/opt/data/filters/filter_short_partials.lua"
PFAM = "/opt/pfam/Pfam-A.hmm"
PFAM2GO = "/opt/data/pfam2go/pfam2go.txt"
RATT_CONFIG = "/opt/RATT/RATT.config_euk_NoPseudo_SpliceSite"
}
params.GO_OBO = "/opt/go.obo"
params.NCRNA_MODELS = "/opt/data/cm/rnas.cm"
params.CIRCOS_CONFIG_FILE = "/opt/data/circos/circos.debian.conf"
params.CIRCOS_BIN_CONFIG_FILE = "/opt/data/circos/circos.bin.debian.conf"
params.SPECFILE = "/opt/data/speck/output_check.lua"
params.AUGUSTUS_EXTRINSIC_CFG = "/opt/data/augustus/extrinsic.cfg"
process {
container = 'sangerpathogens/companion:latest'
}
singularity {
enabled = true
// autoMounts = true
}
executor {
name = 'local'
queueSize = 2
pollInterval = '3sec'
}
Я пытался найти решение для этого, единственное, что я смог найти, это autoMounts = true опция (закомментирована выше), из-за которой конвейер даже не находит свои собственные скрипты lua при включении:
Error executing process > 'truncate_input_headers'
Caused by:
Process `truncate_input_headers` terminated with an error exit status (127)
Command executed:
truncate_header.lua < phased.1_scaffolds_FINAL.fasta > truncated.fasta
Command exit status:
127
Command output:
(empty)
Command error:
.command.sh: line 2: truncate_header.lua: command not found
Work dir:
/work/project/ladsie_002/work/95/f03b31ed18a84f331b83cad0232bd5
Tip: you can try to figure out what's wrong by changing to the process work dir and showing the script file named `.command.sh`
Edit1: я последовал совету tsnowlan и добавил --debug к singularity.engineOptions. Однако рассматриваемый путь кажется смонтированным:
Error executing process > 'truncate_input_headers'
Caused by:
Process `truncate_input_headers` terminated with an error exit status (1)
Command executed:
truncate_header.lua < phased.1_scaffolds_FINAL.fasta > truncated.fasta
Command exit status:
1
Command output:
(empty)
Command error:
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting tmpfs to /var/singularity/mnt/session
DEBUG [U=1038,P=29509] mountImage() Mounting loop device /dev/loop0 to /var/singularity/mnt/session/rootfs
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting overlay to /var/singularity/mnt/session/final
DEBUG [U=1038,P=29509] setPropagationMount() Set RPC mount propagation flag to SLAVE
VERBOSE [U=1038,P=29509] Passwd() Checking for template passwd file: /var/singularity/mnt/session/rootfs/etc/passwd
VERBOSE [U=1038,P=29509] Passwd() Creating passwd content
VERBOSE [U=1038,P=29509] Passwd() Creating template passwd file and appending user data: /var/singularity/mnt/session/rootfs/etc/passwd
DEBUG [U=1038,P=29509] addIdentityMount() Adding /etc/passwd to mount list
VERBOSE [U=1038,P=29509] addIdentityMount() Default mount: /etc/passwd:/etc/passwd
VERBOSE [U=1038,P=29509] Group() Checking for template group file: /var/singularity/mnt/session/rootfs/etc/group
VERBOSE [U=1038,P=29509] Group() Creating group content
DEBUG [U=1038,P=29509] addIdentityMount() Adding /etc/group to mount list
VERBOSE [U=1038,P=29509] addIdentityMount() Default mount: /etc/group:/etc/group
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /dev to /var/singularity/mnt/session/final/dev
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /etc/localtime to /var/singularity/mnt/session/final/usr/share/zoneinfo/UTC
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /etc/hosts to /var/singularity/mnt/session/final/etc/hosts
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /etc/singularity/actions to /var/singularity/mnt/session/final/.singularity.d/actions
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final/.singularity.d/actions
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /proc to /var/singularity/mnt/session/final/proc
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final/proc
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting sysfs to /var/singularity/mnt/session/final/sys
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /home/bbrink to /var/singularity/mnt/session/home/bbrink
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/home/bbrink
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /var/singularity/mnt/session/home/bbrink to /var/singularity/mnt/session/final/home/bbrink
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final/home/bbrink
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /tmp to /var/singularity/mnt/session/final/tmp
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final/tmp
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /var/tmp to /var/singularity/mnt/session/final/var/tmp
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final/var/tmp
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /work/project/ladsie_002/work/de/74a8bbd8bd11ad1524800fb7e71556 to /var/singularity/mnt/session/final/work/project/ladsie_002/work/de/74a8bbd8bd11ad1524800fb7e71556
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Remounting /var/singularity/mnt/session/final/work/project/ladsie_002/work/de/74a8bbd8bd11ad1524800fb7e71556
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /var/singularity/mnt/session/etc/resolv.conf to /var/singularity/mnt/session/final/etc/resolv.conf
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /var/singularity/mnt/session/etc/passwd to /var/singularity/mnt/session/final/etc/passwd
DEBUG [U=1038,P=29509] mountGeneric() Mounting /var/singularity/mnt/session/etc/group to /var/singularity/mnt/session/final/etc/group
DEBUG [U=1038,P=29509] create() Chroot into /var/singularity/mnt/session/final
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Change current directory to /var/singularity/mnt/session/final
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Hold reference to host / directory
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Called pivot_root on /var/singularity/mnt/session/final
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Change current directory to host / directory
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Apply slave mount propagation for host / directory
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Called unmount(/, syscall.MNT_DETACH)
DEBUG [U=0,P=29543] Chroot() Changing directory to / to avoid getpwd issues
DEBUG [U=1038,P=29509] create() Chdir into / to avoid errors
VERBOSE [U=1038,P=29542] startup() Execute stage 2
DEBUG [U=1038,P=29542] Stage() Entering stage 2
DEBUG [U=1038,P=29509] PostStartProcess() Post start process
.command.sh: line 2: phased.1_scaffolds_FINAL.fasta: No such file or directory
DEBUG [U=1038,P=29509] CleanupContainer() Cleanup container
DEBUG [U=1038,P=29509] Master() Child exited with exit status 1
Work dir:
/work/project/ladsie_002/work/de/74a8bbd8bd11ad1524800fb7e71556
Edit2: я исправил ошибочную точку монтирования, что привело к другой ошибке:
gt: error: could not execute script ...rk/project/ladsie_002/companion/bin/gff3_to_embl.lua:74: bad argument #1 to 'lines' (/opt/go.obo: Permission denied)
Я предполагаю, что разрешения внутри контейнера установлены неправильно.
3 ответа
Как упоминал pditommaso, вам необходимо убедиться, что среда внутри изображения сингулярности настроена правильно. Вы можете сделать это либо через%environment блок в файле определения Singularity или экспорт SINGULARITY_$VARNAMEв среде хоста. например,SINGULARITY_PERL5LIB=/opt/ORTHOMCLV1.4/:/opt/RATT/:/opt/ABACAS2/:$PERL5LIB в env блок конфигурации nextflow для установки PERL5LIB переменная внутри контейнера.
Также вероятно, что вам нужно будет указать расположение данных для монтирования в контейнер в singularity.runOptions. Специфика там зависит от того, какую версию Singularity вы используете, и от того, включена ли в ядре хост-ОС OverlayFS.
Редактировать 1: привязка / установка
Основная форма -B /host/path:/image/path. Если/image/path не существует в образе сингулярности и OverlayFS не включен в ядре ОС, вы получите сообщение об ошибке: WARNING: Skipping user bind, non existent bind point (directory/file) in container: '/image/path'. гдеdirectory/file это то, что монтируется.
Вы можете просмотреть, что монтируется, используя --debug флаг с версией 3+, или -vv в версии 2. В следующем потоке это добавляется в singularity.engineOptions.
Имейте в виду, что любые символические ссылки в смонтированном каталоге будут повреждены, если они ссылаются на путь, который недоступен в образе сингулярности.
Если смонтированные данные содержат символические ссылки, часто есть большая вероятность, что они относятся к файлам, которые не смонтированы в контейнер и кажутся неработающими ссылками при запуске образа сингулярности.
изменить 2: права доступа к файлам
Самый простой способ построить изображение сингулярности: sudo singularity build companion.sif docker://sangerpathogens/companion:latest. Если вам нужно что-то изменить, как в случае с/opt/go.obo файл, вам нужно будет создать файл определения.
Bootstrap: docker
From: sangerpathogens/companion:latest
# note: for reproducibility, it is best to use a tag whose target won't change over time
%post
chmod 644 /opt/go.obo
Если требуются другие изменения, они вносятся в %postблок. В отличие от Docker, Singularity не использует слои для каждой команды для создания образа, поэтому вам не нужно беспокоиться о связыванииsome_command && some_other_command && so_on && etc.
Это исправление поможет при отсутствии скрипта truncate_headers.lua.
Singulary может неправильно преобразовать контейнер Docker, определенный пользовательской средой. Убедитесь, что изображение Singularity определяетPATHи другие переменные, как определено в Dockerfile проекта https://github.com/sanger-pathogens/companion/blob/master/Dockerfile