Проблемы с парным взрывом в биопионе

Question

Я пытаюсь запустить попарный взрыв между двумя последовательностями внутри скрипта Python и используя инструменты взрыва биопиона.

У меня нет проблем с запуском против локальной базы данных, добавив параметр db='blast_database' в blast_cline. Но если я заменю этот параметр на subject='tmp_subject.fas' это не работает.

Мой код:

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline

blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5, out='tmp.xml')

blast_cline()

Я получаю это сообщение об ошибке:

Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 3 from 'blastn -out tmp.xml -outfmt 5 -query tmp_query.fas -evalue 1 -subject tmp_subject.fas', message 'BLAST engine error: Empty CBlastQueryVector'

Answer 1

Это должно работать:

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5)()[0]
print(blast_cline)