Где jNeuroML помещает команды LEMS в сгенерированный NEURON .MOD/NMODL?

Question

Как следующие теги в LEMS отображаются в файлы NEURON .MOD/NMODL:

<OnEvent>
   <StateAssignment .. />
</OnEvent>

<OnCondition ... >
   <StateAssignment ... >
</OnCondition>

<DerivedVariable .. />
<ConditionalDerivedVariable .. />
<TimeDerivative .. />

Answer 1

Теги LEMS отображаются в NEURON MOD следующим образом:

• OnEvent -> NET_RECEIVE: StateAssignmentвнутри OnEvent помещаются в блок NET_RECEIVE NEURON .MOD. Назначения располагаются в порядке их появления в файле LEMS.
• OnCondition -> BREAKPOINT: Все if заявления от каждого OnCondition теги объединяются и помещаются в раздел BREAKPOINT, и выполняются в том порядке, в котором они появляются в файле LEMS.
• DerivedVariable, ConditionalDerivedVariable, TimeDerivative -> DERIVATIVE: они также объединяются и отображаются в разделе "ПРОИЗВОДНОЕ". Во-первых, все DerivedVariable заявления, то все ConditionalDerivedVariable заявления и, наконец, все TimeDerivative заявления. Как и с другими, они все расположены в порядке их появления.

Заметки:

• Если вам нужно DerivedVariable который используется OnConditionсоздать всегда выполняющийся OnCondition заявление с test="1 .eq. 1"с новым StateVariableи поместите его перед любым другим OnCondition заявления, которые будут использовать его.
• Точно так же, если вам нужно DerivedVariable это зависит от ConditionalDerivedVariableсоздать всегда выполняющийся ConditionalDerivedVariable и поместите это перед другим ConditionalDerivedVariables, которые используют это.

• После преобразования в NEURON MOD операторы группируются и выполняются в каждом временном шаге в следующем порядке:

  1. OnEvent
  2. OnCondition"s
  3. DerivedVariable"s
  4. ConditionalDerivedVariable"s
  5. TimeDerivative"s

Смотрите: В файлах NEURON.MOD каков порядок операций с разделами?