Coxph-направление коэффициента опасности в R

Question

Давайте предположим, у меня есть следующий набор данных:

time censor treatment
6 0 A
12 1 A
4 0 B
5 0 B
3 0 C
12 1 C
6 0 B
12 1 C
4 0 A
5 0 C
3 0 B
12 1 A

Итак, что я сделал, так это перебросил к моей ссылке А и запустил:

coxph(Surv(time,censor)~treatment)

я посмотрел на результаты и сравнил с примером протокола, предоставленного и обнаружил, что мой exp(-coeff) равен их exp(coeff) в обоих случаях B и C.

Поэтому я снова запустил код со ссылкой B и один раз со ссылкой C и обнаружил, что нижний и верхний пределы соответствуют образцу. Однако мне дополнительно нужно p-значение log-rank, и это не предусмотрено таким образом, поэтому я хотел бы узнать:

Как мне развернуть модель, чтобы обратное соотношение рисков и конф. показаны пределы и значения p (я имею в виду обратную модель)/ или вы думаете, что-то еще пошло не так?

Answer 1

Использование survdiff выполнить лог-ранговый тест:

dts <- read.table(text='
time censor treatment
6 0 A
12 1 A
4 1 B
5 0 B
3 0 C
12 1 C
6 0 B
12 1 C
4 1 A
5 0 C
3 1 B
12 1 A
', header=T)

cxp <- coxph(Surv(time,censor)~treatment, data=dts)
summary(cxp)

survdiff(formula = Surv(time,censor)~treatment, data=dts)
# Call:
# survdiff(formula = Surv(time, censor) ~ treatment, data = dts)
# 
#             N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
# treatment=A 4        4     3.63     0.037      0.15
# treatment=B 4        2     1.10     0.736      1.10
# treatment=C 4        2     3.27     0.491      1.96
# 
#  Chisq= 2.2  on 2 degrees of freedom, p= 0.33