Простой анализ соответствий в R - Не все объекты появляются на графике?

Question

Я чувствую, что это может быть глупый вопрос, но я потратил много времени на поиски ответа и, похоже, не могу его найти. Трудно даже знать, что искать, поэтому, если на этот вопрос ответят где-то еще, о чем вы знаете, ссылка - это все, что мне нужно.

Тем не мение. Я пытаюсь сделать простой CA в R, используя пакет Vegan, и он работает нормально. Тем не менее, график, который я генерирую, показывает только 60 "сайтов", когда на самом деле у меня 135. Кто-нибудь знает, почему это может произойти? Мне нужно показать все объекты. Мой код ниже

library(vegan)
CPUE.matrix <- read.csv("CPUE_Matrix_CA.csv", header=TRUE, row.names=1)
cpue.ca <- cca(CPUE.matrix)
plot(cpue.ca, type="n")
points(cpue.ca, display = "sites", cex = 1.3,  bg=labels, pch=20, col="red")
text(cpue.ca, display = "spec", cex=0.9, col="black")

Чтобы дать вам представление о том, как выглядят мои данные:

head(CPUE.matrix)

       Black.Rockfish Brown.Rockfish Copper.Rockfish Pacific.Cod
1974_G57       0.000000      0.0000000       0.4731183        0.00
1974_H66       0.000000      1.6666667       2.0000000        0.00
1974_H67       0.000000      0.0000000       0.0000000        0.00
1974_H78       2.726236      0.0000000       2.6171869        0.00
1974_H79       0.000000      0.5660377       0.0000000        0.00
1974_H80       0.000000      0.1600000       0.0000000        0.08
         Quillback.Rockfish
1974_G57          0.5677419
1974_H66          0.6666667
1974_H67          0.6037736

Данные 5 видов рыб, 135 мест и вылов на единицу усилия каждого вида в каждом месте в клетках. Когда я строю сюжет, на сюжете не хватает мест.

Answer 1

Просто чтобы закрыть вопрос: как в ветке комментариев, получается, что многие сайты перекрывают друг друга. Один из способов сделать это более очевидным, как было упомянуто в других вопросах SO, - построить график с частичной прозрачностью. Таким образом, перекрывающиеся элементы будут выглядеть темнее, чем один элемент. Смотрите, например, R: Scatterplot со слишком большим количеством точек