Одинаково разнесенные длины в дендрограммах

Question

На этой диаграмме основная информация (большинство узлов) находится на крайней левой стороне.

Я хочу сделать дендрограмму легко читаемой, и поэтому края должны быть пропорционально длинными. Какие-либо конкретные аргументы, которые будут использоваться, или это просто проблема данных?

Answer 1

Пакет ape имеет возможность построения дерева (или дендрограммы) без длин ребер.

library(ape)

# calculate dendrogram from sample data
data(carnivora)

tr <- hclust(dist(carnivora[1:20,6:15]))

# convert dendrogram from class 'hclust' to 'phylo'
tr <- as.phylo(tr)

# plot, use par(mfrow=c(1,3)) to display side by side
plot(tr)
plot(tr, use.edge.length = FALSE)
plot(tr, use.edge.length = FALSE, node.depth = 2)

Это вызывает функцию plot.phylo и позволяет вам манипулировать тем, как выглядит дендрограмма. Чтобы улучшить разборчивость надписей, вам может потребоваться изменить настройки в plot которые влияют на размер шрифта (cex = 0.7) или смещение метки (label.offset = 0.5).