Аннотировать файлы DICOM
Я ищу приложение, как внутри, так и вне Python, которое позволит мне взять существующий файл DICOM, впоследствии добавить некоторые маркеры к медицинскому изображению (например, цветные точки) и затем сохранить координаты этих маркеров и окончательное изображение. Это то, что можно сделать, например, в PyDicom или другой программе? любые мысли приветствуются.
2 ответа
Вы никогда не должны редактировать существующий экземпляр DICOM. Короче говоря, DICOM хранит так называемый уникальный идентификатор Unique Instance UID, Это означает, что если вы отредактируете файл, добавите постмодальный оверлей, а затем отправите его обратно в систему PACS, он будет удален (намеренно!).
Поэтому вместо обычного подхода используется создание другого экземпляра DICOM, в этом случае я бы предложил простой IOD State Presentation State Graccale Softcopy, а затем просто сослался на существующее изображение DICOM. Вы можете иметь столько экземпляров Grastcale Softcopy Presentation State, сколько захотите, что делает его гораздо более гибким, чем грубое редактирование на месте существующего экземпляра DICOM.
Позвольте мне немного расширить ответ @ Malat.
Вы можете использовать библиотеку pydicom для записи новых файлов DICOM с нуля. В вашем случае вы захотите просмотреть CIOD State Presentation Graccale Softcopy и для каждого модуля, отмеченного как "M" для обязательного заполнения, заполните все атрибуты, помеченные как "1" (для обязательных) или "1C" (для условных обозначений). требуется). Вы также должны заполнить любые помеченные "2" или "2C" (для обязательных, если известно).
Многие теги DICOM вы сможете скопировать с изображения, которое вы аннотируете. Например, идентификатор типа пациента является обязательным и находится в обязательном модуле, поэтому вы можете скопировать его значение из исходного изображения.
Большая часть новых данных, которые вы будете генерировать, попадет в модуль Overlay Plane.