Цветные линии для тангелграма - пакет обезьяньей функции, копилоплот

Question

Я пытаюсь провести филогенетическое сравнение двух деревьев, которые содержат одинаковые таксоны. Я хочу покрасить соединения на основе сайта изоляции. Я думал, что выполнил это успешно, но есть ошибка в моем рабочем процессе, то есть цветные линии не соответствуют месту изоляции точно. Мне было интересно, если у вас есть какие-либо идеи, пожалуйста, найдите мой воспроизводимый пример ниже.

site <- structure(list(name = structure(c(1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,9L, 10L, 2L), .Label = c("t1", "t10", "t2", "t3", "t4", "t5","t6", "t7", "t8", "t9"), class = "factor"), site = c(1L, 1L,1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 3L, 2L, 2L)), .Names = c("name", "site"), row.names = c(NA,10L), class = "data.frame") 

library(ape)
t1 <- rtree(10)
t2 <- rtree(10)
order <- cbind(t1$tip.label)
list <- merge(order, site, by.x="V1", by.y="name")
x <- list$site
A <- cbind(t1$tip.label, t1$tip.label)
cophyloplot(t1, t2, assoc = A, show.tip.label = T, space=50, col = x) 

В нынешнем виде это мой текущий вывод:

Answer 1

Просто заметил эту ветку на извлечении меток и это работает. правильный порядок маркировки наконечника в обезьяне

Я также должен включить sort=F в функцию слияния.

Итак, для завершения рабочий процесс выглядит так:

site <- structure(list(name = structure(c(1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,9L, 
10L, 2L), .Label = c("t1", "t10", "t2", "t3", "t4", "t5","t6", "t7", "t8", 
"t9"), class = "factor"), site = c(1L, 1L,1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 3L, 2L, 2L)), 
.Names = c("name", "site"), row.names = c(NA,10L), class = "data.frame") 

library(ape)
t1 <- rtree(10)
t2 <- rtree(10)
is_tip<- t1$edge[,2] <= length(t1$tip.label)
ordered_tips <- t1$edge[is_tip,2]
order <-t1$tip.label[ordered_tips]
order <- as.data.frame(order)
list <- merge(order, site, by.x="V1", by.y="name", sort=F)
x <- list$site
A <- cbind(t1$tip.label, t1$tip.label)
cophyloplot(t1, t2, assoc = A, show.tip.label = T, space=50, col = x) 

Answer 2

Только в качестве продолжения, в моей работе правильный порядок меток изменялся командой слияния. Моя древовидная структура довольно сложна, и, вероятно, отсутствие / присутствие людей между обоими деревьями создавало эту проблему. Я просто исправил, добавив вектор с позициями к заказу data.frame.

order <- as.data.frame (order, seq = seq (1: length (order)))

Позже можно легко переставить data.frame в соответствии с древовидной структурой.

Ура,