Snakemake: экспорт d3dag - MissingInputException

Question

Я хочу экспортировать DAG моего рабочего процесса в формат JSON, совместимый с D3.js:

snakemake.snakemake(snakefile=smfile,
                    dryrun=True,
                    forceall=True,
                    printdag=False,
                    printd3dag=True,
                    keepgoing=True,
                    cluster_config=cluster_config,
                    configfile=configfile,
                    targets=targetfiles)

К сожалению, он жалуется на отсутствие входных файлов.

Это правда, что файлы отсутствуют, но я надеялся, что они все равно будут работать, особенно после установки keepgoing возможность True,

Есть ли умный способ экспортировать DAG без входных файлов?

Спасибо Ян

Answer 1

--keep-going позволяет выполнять независимые задания в случае сбоя задания змеи. То есть змеиное мастерство должно успешно запускать задания. В вашем случае, он никогда не доберется до этой стадии. Я полагаю, что отсутствующие входные файлы не позволят создать DAG.