Печать объекта MultipleSeqAlignment

Question

У меня есть выравнивание 3 последовательностей, сгенерированных clustalx

AAAACGT Alpha
AAA-CGT Beta
AAAAGGT Gamma

Я могу нарезать выравнивание с помощью предопределенной индексации в Biopython через align[:,:4]

Однако печать результата дает:

AAAA Alpha
AAA- Beta
AAAA Gamma

Как я могу захватить выравнивание как без печати имен, как указано ниже?

AAAA
AAA-
AAAA

align[:,:4].seq не обеспечивает вывод, который я ищу.

Answer 1

Вы, вероятно, можете сделать что-то вроде:

for x in align[:, :4]:
    print x.seq

Или делайте все, что хотите, где находится оператор print.

Answer 2

Мне нужно сначала задать дополнительный вопрос - каков точный тип align[:,:4]?

В любом случае, это какой-то массив, поэтому вы не можете просто .seq, Что вы можете сделать, если seq действительно является свойством отдельных записей, это извлечь их, используя map функция:

map(lambda el: el.seq, align[:, :4])