Ошибка floating.pie при использовании nodelables из пакета ape
Я получаю ошибку при использовании ARD-модели функции туза в R. Ошибка
Ошибка в floating.pie.asp(XX[i], YY[i], pie[i, ], radius = xrad[i], col = piecol): плавающее значение.pie: x должно быть неотрицательным
library(ape)
library(phylobase)
tree <- read.nexus("data1.nexus")
plot(tree)
data <- read.csv("phagy_species.csv")
clade.full <- extract.clade(tree, node=91)
plot(clade.full)
clade.1 <- drop.tip(clade.full, "Bar_bre")
clade.2<- drop.tip(clade.1, "Par_pho")
clade.3<- drop.tip(clade.2, "Par_iph")
clade.4<- drop.tip(clade.3, "Eur_ser")
clade.5<- drop.tip(clade.4, "Opo_sym")
clade.6<- drop.tip(clade.5, "Mor_pel")
clade.7<- drop.tip(clade.6, "Aph_hyp")
clade.8<- drop.tip(clade.7, "Ere_oem")
clade.9<- drop.tip(clade.8, "Cal_bud")
clade.10<- drop.tip(clade.9, "Lim_red")
clade.11<- drop.tip(clade.10, "Act_str")
clade.12<- drop.tip(clade.11, "Hel_hec")
clade.13<- drop.tip(clade.12,"Col_dir")
clade.14<- drop.tip(clade.13, "Hyp_pau")
clade.15<- drop.tip(clade.14, "Nym_pol")
clade.16<- drop.tip(clade.15, "Mel_cin")
clade.17<- drop.tip(clade.16,"Apa_iri")
clade.18<- drop.tip(clade.17, "Bib_hyp")
clade.19<- drop.tip(clade.18, "Mar_ors")
clade.20<- drop.tip(clade.19, "Apo_cra")
clade.21<- drop.tip(clade.20, "Pse_par")
clade.22 <- drop.tip(clade.21, "Lep_sin")
clade.23<- drop.tip(clade.22, "Dis_spi")
plot(clade.23)
data2 <- as.numeric(data[,2])
model2 <- ace(data2, clade.23, type="discrete", method="ML", model="ARD")
summary(model2)
d <-logLik(model2)
deviance(model2)
AIC(model2)
plot(clade.23, type="phylogram", cex=0.8, font=3, label.offset = 0.004)
co <- c("red", "blue", "green", "black")
nodelabels(pie = model2$lik.anc, piecol = co, cex = 0.5)
И тогда я получаю ошибку. Там нет ошибки, если я использую оригинальное дерево без обрезки. Но, когда я подгоняю их к моим требованиям, это идет в минус.
Вот файл дерева данных
1 ответ
Матрица, которую вы используете для пропорций пирога, содержит комплексные числа. Чтобы увидеть это, попробуйте:
class(model2$lik.anc[1,1])
Строки этой матрицы определяют пропорции пирогов, и их необходимо суммировать до 1. Ваш код создает график с пирогами, если я заменю круговую матрицу в nodelabels функционировать так:
nodelabels(pie = matrix(0.25, 64, 4), piecol = co, cex = 0.5)
потому что теперь есть законная матрица для pie аргумент со строками, сумма которых равна 1.
Что касается того, почему у вас есть комплексные числа в этой матрице, я не уверен. Это, вероятно, связано со всеми предупреждениями ace в вашем примере. Но это совсем другая проблема.
У меня была такая же проблема с моими данными. Я поместил свои данные в матрицу (как предложил Медленный Иорис), а затем исключил матрицу из списка.
x <- matrix(data=c(model2$lik.anc[,1],model2$lik.anc[,2],model2$lik.anc[,3],model2$lik.anc[,4]))
plotTree(tree,ftype="i",label.offset = 0.02)
nodelabels(pie = unlist(x))
Для других людей, имеющих ту же проблему, также после очистки мыслимых частей их данных: функция nodelabels выдает ту же ошибку, когда вы предоставляете data.frame вместо матрицы для pie,