Преобразование данных ImageJ ROI в R spatstat не работает
Я пытался использовать RImageJROI посылка от David C Sterratt для передачи нескольких ROIs в R и преобразовать их в Spatstat,
Это минимальный пример моего R-кода
library(RImageJROI)
ROI = read.ijzip("path/ROI.zip")
spat.ROI = ij2spatstat(ROI)
Чтение zip-файла работает хорошо, но когда я запускаю команду преобразования, я получаю следующую ошибку:
Ошибка в conv.fun(k, window = окно, имя устройства = имя устройства, масштаб = масштаб, объект не найден
Прилагается файл для создания ROI.zip -файл, который вызывает ошибку после его обработки в ImageJ с:
run("Analyze Particles...", "add");
roiManager("Save", "Path\\Roi.zip");
Есть ли способ получить RImageJROI работает, я что-то упускаю очевидное, или кто-нибудь знает другое решение для моего проекта?
1 ответ
У меня такое же сообщение об ошибке. Я обнаружил, что это работает, заглянув внутрьij2spatstat функция.
library(RImageJROI)
library(spatstat)
roi <- read.ijroi("RoiSet/0071-0081.roi") # path to single ROI
poly <- list(x = roi$coords[,2], y = roi$coords[,1])
out <- owin(poly = poly)
plot(out)
Вы можете поместить это в цикл, чтобы преобразовать каждый ROI в каталоге.
Для этого вы можете использовать Bio7 со специальными методами для передачи различных ROI ImageJ и данных изображений в R.
Некоторые методы были специально разработаны для spatstat после великолепного учебника по spatstat на конференции R в 2015 году.
Вот ссылка на некоторые заметки Spatstat ImageJ и простые сценарии:
https://github.com/Bio7/Bio7_Workshop
Вот несколько видеоуроков для передачи данных ROI:
Шаблон 3D-точек: https://youtu.be/DmfSASgJa_g
Сегменты строки: https://youtu.be/EPan7kibYpo
Полигоны: https://youtu.be/bS_2ejOt7Tg
Шаблоны точек: https://youtu.be/7t5V2o8jFJw
Измерения частиц: https://youtu.be/7t5V2o8jFJw
Полигоны с географической привязкой (которые могут быть преобразованы в объекты spatstat):