Описание тега dompi
1
ответ
doMPI не распознает другие узлы в кластере для сценария R
Использование RHEL7.3 Использование R 3.3.2 Установленные Rmpi_0.6-6.tar.gz и doMPI_0.2.1.tar.gz Установил mpich-3.0-3.0.4-10.el7 RPM для x86_64 Я создал кластер из трех машин (aml1,2,3). Я могу запустить пример /examples/cpi из установки mpich, и п…
07 фев '17 в 01:21
0
ответов
Ошибка открытого MPI с doMPI
У меня проблема с запуском doMPI на наших кластерах Linux. Я пытаюсь запустить sincMPI.R пример проблемы в doMPI пакет с mpirun -n 1 Rscript sincMPI.R команда. Я получаю ошибку: Open MPI не поддерживает рекурсивные вызовы mpiexec Я должен отметить, …
02 дек '17 в 04:43
2
ответа
Невозможно изменить значение булевой переменной внутри функции foreach с помощью doMPI
Я построил следующую mwe, которая показывает серию вложенных функций, которые вызываются внутри оператора foreach, с MPI в качестве бэкэнда. Все это упаковано внутри пакета R. Проблема в том, что когда я загружаю пакет, а затем вызываю fun3, я не мо…
10 сен '17 в 20:28
0
ответов
R, foreach, doMPI уменьшил скорость с увеличенными итерациями
Я уже несколько лет использую комбинацию R, doMPI и foreach в кластере, и обычно увеличение числа итераций моделирования довольно линейно с точки зрения требуемого времени выполнения. Недавно я использовал этот вложенный цикл foreach, и по мере увел…
30 янв '17 в 13:20
1
ответ
R - Как перебрать каждый кусочек 4D матрицы
Я использую doMPI в R для распараллеливания сохранения климатических данных netCDF. Эти данные хранятся в R в 4-мерной матрице m, с данными для 6 переменных, в 20000 временных точек, по сетке широты и долготы. m таким образом индексируется как m[lon…
09 окт '18 в 21:19
1
ответ
DoMPI и кластеры
У меня есть мой первый опыт использования R и кластеров. Выполняя поиск в Google, я обнаружил пакет "doMPI". Этот пакет позволяет мне автоматизировать создание процессов. Однако я немного запутался в функциях. 1 - В чем разница между startMPIcluster…
04 ноя '16 в 16:36
0
ответов
(Пакет R) Ошибка установки Rmpi: невозможно загрузить общий объект (пока он есть)
Я пытаюсь установить R-пакет Rmpi на Windows 10 (чтобы установить doMPI). Я получаю следующую ошибку: Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для 'Rmpi': сбой.onLoad в loadNamespace() для 'Rmpi', подробности: call: inDL(x, as.logi…
25 авг '18 в 15:02
0
ответов
Загрузить все функции в пакете во время загрузки?
Длинная история здесь, создание пакета, который содержит цикл foreach, соединяющийся с бэкэндом MPI. doMPI не экспортирует все функции в ядра кластера, но я могу .export = c (ls(globalenv())) если при загрузке в вызывающем скрипте у меня есть функци…
12 сен '17 в 15:29
1
ответ
Используйте несколько многоядерных Linux-серверов для вычислений в R
У меня есть четыре 32-ядерных сервера Linux (CentOS 7), которые я хотел бы использовать для параллельных вычислений в R До сих пор я использовал только пакеты doMC и registerDoMC(cores=32) для использования многоядерных возможностей одного сервера. …
13 мар '18 в 07:14
0
ответов
Невозможно закрыть мой зарегистрированный кластер
У меня возникла проблема, когда closeCluster(cl) Команда заставляет мой скрипт зависать, требуя, чтобы я завершил процесс с системного монитора (Linux). Я довольно новичок в doMPI пакет в R, так что вполне возможно, что это ошибка пользователя. Я пы…
04 окт '17 в 18:16
1
ответ
Запись в файл журнала с использованием doMPI
Я использую doMPI на HPC, и я хотел бы регистрировать выходные данные рабочих. Используя doParallel, я смог использовать makeCluster(outfile='myfile.log'), С doMPI, похоже, нет outfile аргумент в любом из методов. Я пытался с помощью sinkWorkerOutpu…
03 мар '17 в 19:25
1
ответ
Пакет R, содержащий foreach, будет работать с doParallel, но не с doMPI, не может найти объект
Я пытаюсь написать пакет R, который содержит несколько вложенных функций, в операторе foreach и бэкэнде doMPI. Выдает ошибку объекта "не удается найти"XXX". Странно то, что эта ошибка не возникает, если я использую doParallel в качестве бэкэнда. Это…
05 сен '17 в 20:54
0
ответов
Библиотеки doMPI и CUDA
Я использую DoMPI в кластере. До сих пор я был в состоянии запустить цикл foreach. Однако, несмотря на правильность вычислений, в выходном файле появляется следующее сообщение об ошибке: "Библиотека попыталась открыть следующие библиотеки поддержки …
01 окт '18 в 12:53
1
ответ
Получение mpirun для распознавания всех ядер на каждом узле
Я установил два узла для MPI, aml1 (основной) и aml2 (рабочий). Я пытаюсь использовать mpirun со сценариями R и использую библиотеки Rmpi и doMPI. Спецификации для обеих машин одинаковы: On RHEL 7.3 # lscpu Architecture: x86_64 CPU op-mode(s): 32-…
10 фев '17 в 19:40
1
ответ
Функции, не находящие переменные или окружение, когда внутри цикла foreach
Я пытаюсь построить R package который содержит функцию верхнего уровня внутри пары nested foreach петли. Эта функция верхнего уровня затем вызывает набор дополнительных вложенных функций. У меня проблема с лексической областью видимости, функции бол…
19 сен '17 в 11:07
1
ответ
Ошибка doMPI: в системе недостаточно доступных слотов, чтобы удовлетворить 2 слота, запрошенных приложением
Я пытаюсь запустить пакет doMPI на моем локальном компьютере, чтобы я мог выполнить его тестирование, прежде чем отправлять задания в кластер. Я использую Mac OSX Yosemite и установил открытый mpi 2.0.2 через brew. mpirun -V mpirun (открытый MPI) 2.…
01 мар '17 в 02:22
1
ответ
doMPI и пользовательские пакеты
Я начинаю использовать doMPIи я использую пакет, который я определил сам. Во-первых, в моем файле должно быть выполнено: library(doMPI) cl <- startMPIcluster() registerDoMPI(cl) Примечание: я не использую cl <- startMPIcluster(count), так как …
01 окт '18 в 11:19
1
ответ
DoMPI и узлы, процессоры и ядра
Я хочу выполнить распределенное параллельное вычисление с кластером, к которому у меня есть доступ: 5 узлов ("компьютеров"); каждый узел имеет два процессора ("CPU"), а каждый процессор имеет 18 ядер. Таким образом, число потоков, которые я мог бы и…
29 сен '18 в 05:23
1
ответ
В чем разница между использованием пакета doParallel с type = MPI и непосредственным использованием doMPI?
В чем разница между использованием пакета doParallel с type = MPI и непосредственным использованием doMPI? library(foreach) library(doParallel) cl <- makeCluster(mpi.universe.size(), type='MPI') registerDoParallel(cl) system.time(foreach(i = 1:3)…
10 май '18 в 09:07
0
ответов
Rmpi находит только один слот на ядро, должно найти два
Установите новую машину 20 ядер, 40 слотов, R версии 4.0.2, откройте MPI 4.0.5, который я скомпилировал и установил сам. Now when I run $ cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l возвращает правильное количество доступных слотов 40 Однако изнутри …
30 сен '20 в 18:57