Невозможно закрыть мой зарегистрированный кластер
У меня возникла проблема, когда closeCluster(cl)
Команда заставляет мой скрипт зависать, требуя, чтобы я завершил процесс с системного монитора (Linux). Я довольно новичок в doMPI
пакет в R, так что вполне возможно, что это ошибка пользователя.
Я пытался запустить пример проблемы arima.R
от doMPI
пакет:
library(doMPI)
suppressMessages(library(doMPI))
# Create and register an MPI cluster
cl <- startMPIcluster()
registerDoMPI(cl)
# Initialize variables
n <- 10000
opts <- list(chunkSize=100)
# Perform simulations in parallel
r <- foreach(1:n, .combine='c', .options.mpi=opts) %dopar% {
x <- ts(arima.sim(list(order=c(1,0,0), ar=-0.9), n=360), start=1975, freq=12)
y <- aggregate(x, nfreq=4, sum)
arima(y, order=c(1,0,0))$model$phi
}
# Print a summary of the resulting vector
print(summary(r))
# Shutdown the cluster and quit
closeCluster(cl)
mpi.quit()
Похоже, что foreach
цикл завершается нормально, но программа останавливается, когда я нажимаю closeCluster(cl)
команда. Я должен упомянуть, что я использую модифицированную версию R (администраторы моего HPC требуют, чтобы я создал свою собственную версию R, если я собираюсь установить пакеты), поэтому, возможно, есть проблема с тем, где я сохранил модифицированную версию (?).