Описание тега ctakes
Apache cTAKES - это система обработки естественного языка для извлечения информации из электронных медицинских карт в виде произвольного текста.
1
ответ
cTAKES UMLS ICD10 поиск кодов
Я создал пользовательский словарь cTAKES из базы данных UMLS с кодами ICD10. Сейчас я могу анализировать текст, например, по названию болезни, например Asthma и индекс аннотации будет содержать код ICD10 для этого соответствия code = "J45.90", Можно…
15 дек '17 в 09:04
1
ответ
Apache cTAKES логика из Java-приложения
Я пытаюсь встроить логику Apache cTAKES NLP в свое приложение. Прежде всего, я не могу найти хорошую документацию, чтобы понять, как это можно сделать. Из разных фрагментов кода, которые я нашел в интернете, я создал следующий тестовый код: public c…
14 дек '17 в 13:50
0
ответов
Как пересмотреть CVD и CPE Ctakes для доступа к UMLS?
Я новый пользователь для cTakes. При установке я столкнулся с трудностями при добавлении имени пользователя и пароля UMLS в Ctakes. Поле CPU показало, что C:\Users\Administrator>cd \apache-ctakes-4.0.0 C:\apache-ctakes-4.0.0>bin\runctakesCVD.b…
13 дек '18 в 17:03
1
ответ
Запуск ctakes с помощью AggregatePlaintextProcessor
Я хочу запустить ctakes с AggregatePlaintextProcessor или чем-то, что не требует подключения для UMLS. Помогите!
18 апр '18 в 00:09
2
ответа
Искра, бросающая "NoClassDefFoundError" Несмотря на jar, указывающий, что класс присутствует
Я получаю NoClassDefFoundError несмотря на то, что 7Zip указывает на то, что jar, содержащий класс, присутствует в uberjar, переданном для запуска программы. Я подаю следующую строку: spark-submit --class org.dia.red.ctakes.spark.CtakesSparkMain tar…
10 июл '17 в 01:38
1
ответ
cTAKES 4, пользовательский словарь, CAS Visual Debugger (CVD) и AggregatePlaintextFastUMLSProcessor.xml
Мне удалось установить cTAKES 4 со следующей документацией https://cwiki.apache.org/confluence/display/CTAKES/cTAKES+4.0+-+Fast+Dictionary+Lookup На моем компьютере с Windows 10 я запускаю приложение CAS Visual Debugger (CVD) с помощью следующей ком…
14 дек '17 в 19:07
2
ответа
Использование cTAKES для разбора клинических документов
Я пытаюсь понять, как запустить конвейер клинических документов из Java. У меня есть набор клинических документов в виде простых текстов. Я хочу разобрать эти документы и извлечь список того, что есть в документе doc_ID, есть CUI с частотой freq. Я …
21 окт '13 в 20:53
2
ответа
Кто-нибудь знает, может ли rApache Ctakes запускать UMLS без подключения к интернету?
Кто-нибудь знает, может ли Apache Ctakes запускать UMLS без подключения к интернету и есть ли хорошая оболочка Python для Ctakes?
01 авг '18 в 15:22
1
ответ
Получение вывода в формате JSON в UIMA
Я использую Apache cTAKES, где вывод требуется в JSON. Я пытаюсь Google GSON здесь, public static void main(final String... args) throws IOException, UIMAException, SAXException { final String note = "Serum Cholesterol 154 150 250 mgs/dl\n-\nSerum T…
28 ноя '16 в 07:19
2
ответа
Не удается получить данные обратно из UMLS
Я пытался запустить ctakes-temporal-demo на github. В настоящее время я все правильно настроил в Eclipse. Я установил правильный пароль и идентификатор для учетной записи UMLS. Когда я пытаюсь запустить его, я получаю следующую ошибку: Exception in …
30 май '17 в 14:51
1
ответ
Пример кода для использования cTakes AggregatePlaintextUMLSProcessor
Я новичок в Java и UIMA, и я не могу найти исчерпывающий образец для использования AggregatePlaintextUMLSProcessor из кода и вывода результатов в правильном формате. Мне удалось запустить cTakes из командной строки, и я вижу, что он использует FileW…
24 июл '16 в 15:26
1
ответ
Инструмент для преобразования предварительно согласованного SNOMED в посткоординированный
Я набрал в международном браузере Snomed инструмент "Поверхностное повреждение головы", к которому я получаю следующее: http://browser.ihtsdotools.org/?perspective=full&conceptId1;=283025007&edition;=en-edition&release;=v20170131&server;=http://brow…
21 июн '17 в 15:07
1
ответ
CTAKES и Thread Safety
Я сталкиваюсь с проблемами в cTAKES (проекте apache) в отношении безопасности потоков при использовании AnalysisEngine и JCAS. Я пытался получить разрешение относительно того же в вопросе / ответе по проекту Apache, но не получил достаточной информа…
26 окт '16 в 07:33
0
ответов
Как исследовать CAS после анализа с помощью SimplePipeline.runPipeline с использованием CollectionReader?
Добрый день! Я немного запутался в API SimplePipeline.runPipeline в отношении использования CollectionReader(s) и CollectionReaderDescription(s). Описание API говорит: Run the CollectionReader and AnalysisEngines as a pipeline. After processing all …
22 дек '17 в 08:54
2
ответа
Как использовать cTAKES из командной строки?
Интересно, как использовать Apache cTAKES из командной строки. Например: У меня есть файл note.txt, в котором есть текст типа "У пациента повышенный уровень сахара в крови, но анализы не подтверждают диабет. У отца пациента был диабет у взрослых". Я…
04 окт '15 в 23:40
0
ответов
Исключение при запуске ctakes(версия 3.2.2) jar
У меня есть класс ctakes, который работал нормально в версии 2.3.1 и Scala версии 2.11.8. но когда я создал банку этого файла, он выбрасывает ниже исключения Exception in thread "main" org.apache.spark.SparkException: Job aborted due to stage failur…
12 сен '18 в 09:59
0
ответов
CTakes с Тика
Кто-нибудь интегрировал парсер ctakes с Tika, я хотел бы использовать Tika для извлечения текста из документов и использовать ctakes для получения аннотаций. Я могу извлечь с помощью Tika текст и некоторые метаданные, но хотел бы получить совет / по…
29 окт '18 в 19:27
1
ответ
Добавьте имя пользователя и пароль UMLS в Ctakes
Я новый пользователь на cTAKES. Я следовал Руководству по установке и добавил права доступа UMLS. После того, как я отредактировал runctakesCPE.bat и runctakesCVD.bat, я получил следующее: F: \ apache-ctakes-4.0.0> set CTAKES_HOME = F: \ apache-ctak…
05 июл '17 в 20:47
1
ответ
Проверьте действительность лицензии UMLS в UmlsDictionaryLookupAnnotator
В UmlsDictionaryLookupAnnotator есть функция isValidUMLSUser, имеющая четыре параметра. В котором два из них - это имя пользователя и пароль, которые я ввел правильно, а два других - это код лицензии и URL. Может ли кто-нибудь помочь мне найти прави…
02 ноя '17 в 10:39
0
ответов
Как использовать ctakes в R
Я планирую использовать Ctakes в R для задач НЛП. Но я не понимаю, как создать конвейер или использовать Ctakes в R? Может кто-нибудь указать мне пошаговую процедуру о том, как использовать cTakes в R?
08 июл '18 в 09:18